小麦秆黑粉病选好农药防治效果才会好。
早年药剂防治使用70%五氯硝基苯粉剂按种子重量0.2%拌种，按种子重量的0.3%拌50%六氯代苯可湿性粉剂、70%敌克松粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂、50%苯莱特可湿性粉剂、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂或按种子重量的0.15%拌种20%三唑酮、按种子重量的0.1%~0.13%拌种15%的三唑醇也有良好的防治效果。近年实验证明每100公斤小麦拌2%立克秀（戊唑醇）湿拌剂200克或2.5%适乐时（咯菌清）悬浮种衣剂200毫升能够获得更好的防治效果。
小麦秆黑粉病属于真菌病害，主要危害小麦的茎、叶、穗，堪称毁灭性病害。其病菌通常随患病的植株残体在土壤、粪肥中越冬。小麦被病菌感染的初阶段，会出现与叶脉平行的条纹状孢子堆，引起叶片皱缩，在小麦拔节至孕穗期表现为明显，植株矮化和严重扭曲，隆起的部分逐渐变黑、破裂，散出黑粉。感染植株矮小，分蘖增多，轻者穗卷缩在内鞘内，大多不结实，即使结实，种子也细小、皱缩，严重者抽穗前即枯死。
小麦秆黑粉病流行，首先与发芽期土温有关，若出苗期间土温偏高（20℃），适合病菌侵入。其次与拔节期土壤持水量有关，通常干燥贫瘠地块较潮湿地块发病重，今年3月～4月上旬，我省多地区持续干旱少雨，温度适宜，利于秆黑粉病发生和流行。此外，品种间的抗病性差异也比较明显，一般说来弱春性品种较半冬性品种发病重。
防治小麦秆黑粉病的关键措施是拌种。选用2.5%适乐时悬浮种衣剂100～200毫升，加水0.5千克，拌麦种50千克；或每100千克麦种用3%敌委丹悬浮种衣剂200～300毫升进行种子包衣。
药剂防治的同时，也要采取正确的栽培管理措施，比如深耕、适期播种、播种深度适宜、合理施肥等，另外还要选用抗病、耐病的品种。
一、小麦秆黑粉病症状
主要为害茎秆、叶片、穗。茎秆上产生条纹状黑褐色冬孢子堆，病株分蘖多，有时无效分粟可达百余个。叶片上产生条纹状黑褐色冬孢子堆，易扭曲、干枯。为害严重时多不抽穗而卷曲在叶鞘内，或穗小畸形，粒少粒秕。
二、发生规律
以冬孢子团散落在土壤中或以冬孢子黏附在种子表面及肥料中越冬或越夏，成为该病初侵染源。以土壤传播为主，土壤中越冬的冬孢子，萌发后从幼苗芽鞘侵入，并进入生长点，为系统侵染病害，一年只能侵染—次。发芽期土壤温度对小麦秆黑粉病的发生有较大影响，土壤温度9—26℃病菌都可以发生侵染，以14—21℃为适宜。土壤干旱，小麦出苗慢，有利于病菌侵染。病田连作，施用带菌肥料都有利于病害发生。
三、防治方法
小麦秆黑粉病的防治应以加强检疫和种子处理为主，农业防治和选用抗病品种为辅的综合防治措施。适期播种，播种不宜过深。施用腐熟的有机肥。药剂拌种是防治小麦秆黑粉病经济有效的措施。药剂可参考小麦黑穗病。