任何作物对除草剂都不具有的耐性或抗性，而所有除草剂品种对作物与杂草的选择性也都是相对的，在具备一定的环境条件与正确的使用技术时，才能显现出选择性而不伤害作物。在除草剂大面积使用中，作物产生药害的原因多种多样，其中有的是可以避免的，有的是难以避免的。
雾滴挥发与飘移高挥发性除草剂，在喷洒过程中药液雾滴极易挥发与飘移，致使邻近的敏感作物受害，而且喷雾器压力愈大，雾滴愈细，愈容易飘移。特别是2，4-滴丁酯表现为严重与突出，在地面喷洒时其雾滴可飘移1000～2000米。对于易挥发的除草剂，不仅存在飘移问题，而且在施药后的一段时间内药液不断挥发，不断发生药害。
土壤残留
在土壤中持效期长、残留时间久的除草剂易对轮作中敏感的后茬作物造成伤害，如玉米田施用西玛津或阿特拉津，对后茬甜菜、小麦等作物有药害；大豆田施用广灭灵、普施特，对后茬小麦有药害。
混用不当不同除草剂品种间以及除草剂与杀虫剂、杀菌剂等其他农药混用不当，也易造成药害。下面介绍几种混用方法：一是两种除草剂的除草范围应有所不同；二是的药剂应与迟效的药剂相混合，长效的药剂应与短效的药剂相混合；三是在土壤中扩散性、移动性大的药剂应与扩散性、移动性小的药剂相混合；四是两种药剂的使用时期和方法必须吻合。
一、雾滴直接飘移与挥发飘移
喷施除草剂时，或多或少都有飘移的问题。
尤其应用一些蒸气压较高（>0.133322帕）、挥发性较强的品种，如2，4-滴丁酯、2甲4氯钠、麦草畏（百草敌）、氟乐灵、禾草敌（禾大壮）、异恶草松（广灭灵）等，
在喷施过程中，由于形成的雾滴过小（<100微米）、温度过高（>28℃）、空气相对湿度过小（<65％）、风力过大（>3级）、光照过强，喷头位置距地面或叶面过高（机引式、背负式喷雾器的喷头高于60厘米）、液泵压力过大等，均易造成雾滴挥发与飘移。
因此，往往会使邻近被污染的敏感作物及树木等遭受不同程度的危害。
其中，以2，4-滴丁酯为严重与突出，在地面喷施，其雾滴有时能飘移到1000-2000米的距离；应用氟乐灵、禾草敌等一些除草剂，在地面喷施，其雾滴有时也能飘移到500米以上的距离。
在各地长期应用2，4-滴酯的历程中，因雾滴飘移曾多次发生过程度不同的药害事故。
二、应用一些对敏感作物危害性较大的品种，如精吡氟禾草灵（精稳杀得）、高效氟吡甲禾灵（高效盖草能）、精喹禾灵（精禾草克）、烯禾定（拿捕净）、砜嘧磺隆、烟嘧磺隆（玉农乐）、米唑乙烟酸（普施特）、三氟羧草醚（杂草焚）、乳氟禾草灵（克阔乐）、溴苯腈（伴地农）、氯氟吡氧乙酸（使它隆）、二氯喹啉酸（快杀稗）等，
或应用灭生性除草剂草甘膦（农达）、百草枯（克芜踪）等，虽然没有雾滴挥发的问题，但由于在喷洒过程中控制用药的措施不严，也会对邻近的敏感作物造成飘移危害。
三、药滴沾染与雨点溅染
应用除草剂之中一些选择性稍差的品种，如在大豆田应用三氟羧草醚（杂草焚）、乳氟禾草灵（克阔乐）、氟磺胺草醚（虎威）或在玉米田应用溴苯腈（伴地农）做茎叶处理。
由于气象备件不良及作物长势较弱，有时会使大豆或玉米沾着药滴的叶片局部产生灼斑。
再如，在大豆田应用丙炔氟草胺（速收）等做土壤处理，而未耙入浅土层中，若在苗后遇到大雨，则分布在地表的药剂会被雨冲击而溅到大豆底部的叶片上造成药害。
另外，在玉米田应用灭生性除草剂百草枯（克芜踪），在稻田埂上应用草甘膦等，由于防护措施不严，常有少量雾滴落到玉米下部的叶片上或稻田边缘的稻叶上，造成一些局部的药害。
四、排灌用水、地表径流及药械、包装物污染
在农田或非耕地（铁路、公路、库院、货场等），使用某些水溶性较强、持效期较长的选择性、灭生性除草剂，随着降雨形成的地表径流淌入敏感作物的田中，或随着排水带入灌渠，有时会直接或间接导致作物受害。
例如，近几年在辽宁境内铁路的路基上使用甲嘧磺隆（森草净）除草，因降大雨而使甲嘧磺隆随着雨水流进铁路沿线两边的农田，造成了数起药害事故。
喷洒苯氧羧酸类、苯甲酸类、磺酰脲类等一些除草剂之后，如喷过2，4-滴丁酯、麦草畏、氯嘧磺隆，未将喷雾器械清洗干净再去喷洒其他农药或肥料，则很易引起敏感作物受害。
对用过的除草剂包装物及残余药液处理不当，亦会造成药害。
在近几年，曾发生过多起在水渠、河流或积水坑中清洗盛装甲嘧磺隆的塑料桶及清洗配制、喷洒甲嘧磺隆的用具，或往这些水中倾倒剩余的甲嘧磺隆药液而污染灌溉水的事故，致使水稻等一些作物成片死亡。
五、土壤残留
应用三氯苯类、磺酰脲类、咪唑啉酮类、二苯醚类及其他杂环类除草剂之中的一些在土壤里残留时间较为持久的除草剂品种，若与作物轮作体系协调不当，往往会对后茬敏感作物造成危害。
一是雾滴（或挥发）漂移；
二是排灌水（或地表径流）污染；
三是土壤残留药害；
四是由于环境条件及气候异常，作物幼芽接触药剂时间长，吸收多，产生药害。药械性能差，施药技术粗放，单位面积用水量不足，导致雾滴量不均匀和重叠喷雾（也就是施法不当及管理不当）；
五是上年残留和当年施用的除草剂如遇到大雨则可造成淋溶性药害（也就是土壤残留药害和除草剂降解产生次生药害）；
六是误导及误用；
七是除草剂产品质量问题；
八是作物不同品种耐药性差异明显，除草剂选择性差；
九是不考虑土壤墒情为提高除草效果，加大除草剂的使用量，提高使用浓度等；
十是作物进行轮作，前茬除草剂的残留药害。
其中气候异常、用药量大、误导误用、土壤残留、施药不规范等导致药害发生较为普遍。