芹菜菌核病的发生一定要选好农药来防治：
①芹菜收获后病残体，深翻土壤，把土表菌核翻入地表10厘米以下，有条件的还可以灌水浸一段时间，使菌核难萌发。棚室保护地利用夏季高温季节的闷棚升温使菌核死亡，减少菌源，芹菜生长季节加强管理，及时发现病株并拔除。②发病初期摘除下部老叶、病叶，同时可用农药50%农利灵可湿性粉剂1000倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液喷雾防治。保护地可以用15%腐霉利（速克灵）烟剂、10%二甲菌核利烟剂熏烟，300～400克/亩。视病情连用2～3次，一般7～10天用药1次。喷药时着重喷植株下部。
种植芹菜时一定要防治菌核病的发生，秋季正是菌核病发病高峰期，一定要做好预防措施。打啥药能够防治呢？
发病初期农药可以选择喷施70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或65%甲霉灵可湿性粉剂1000倍液，每隔5～7天喷1次，连续2～3次。以上农药喷施时一定要交替，可以很好地避免作物产生抗药性。
发病规律：子囊孢子借水传播，侵染生活力衰弱的老叶，带病的叶片与健壮叶、茎接触可使菌丝蔓延传播。棚内高温高湿，有利于该病的发生和流行。芹菜连茬或与易发生菌核病的十字花科蔬菜连茬容易发病。雨季排水不良，偏施氮肥发病重。
防治方法：发病初期开始喷洒70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或65%甲霉灵可湿性粉剂1000倍液，5-7天喷1次，连续防治2-3次。以上农药交替使用，可避免产生抗药性。