充分发挥生物有机肥料的肥效具体做到下面几点：
首先，要降低生产成本。一是就地采用有机原料，不要远距离调运，增加成本；二是减少销售中间环节，生产与销售近距离对接；三是搞好售后服务，组织科技下乡，使肥料快速发挥肥效。
其次，要足墒适温施用。无论在何种土壤上施用，都要有充足的墒情促其迅速分解转化。气温在10℃―30℃的范围内肥效较好，当气温低于10℃或高于35℃时，肥料转化、吸收就会产生障碍。
第三，要配套正确施用。一是为了使肥料体现长效与的持续效应，凡是施用生物有机复合肥的大田，每亩要配施碳铵30公斤左右，然后再根据不同作物需要配施其它营养元素，不能用生物有机复合肥取代其它肥料。二是作基肥施用，每亩用量不超过50公斤。特别是塑料大棚种菜的更不能超量施用。
点是温度，施用菌肥的温度是25-37摄氏度，低于5摄氏度或是高于45摄氏度，菌肥的施用效果都会比较差，对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。但是多孢菌的耐受温度达140度，在一定程度上拓宽了菌肥在温度上的局限性。
第二点时期，菌肥的效果时期是作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天左右，在此期间施菌肥效果。
第三点用量，一块儿过度施用化肥的土地对化肥是有依赖性的，不要一下子用菌肥完全代替了化肥，要循序渐进。第四点混合，像杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰等是不能与菌肥混合施用的，它们会杀死生物菌，破坏肥效。
1、选用质量合格的微生物肥料。质量低下、有效活菌数达不到规定指标、杂菌含量高或已过有效期的产品不能施用。
2、施用时尽量减少肥料中微生物的死亡。应避免阳光直射菌肥，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。一般菌肥不可与有害农药、化肥混合施用。
3、创造适宜的土壤环境。在酸性土壤上施用应中和土壤酸度后再施。土壤过分干燥时，应及时灌浇。大雨过后要及时排除田间积水，提高土壤的通透性。
4、因地制宜推广应用不同的微生物菌肥料。如根瘤菌肥料应在豆科作物上广泛施用，解磷、解钾类微生物肥料应施用于养分潜力较高的土壤。
5、避免开袋后长期不用要注意密封储存以免菌种流失。开袋后长期不用，其他细菌就可能侵入袋内，使肥料中的微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
6、避免在高温干旱条件下使用。微生物肥料中的微生物在高温干旱条件下，生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。因此，应选择阴天或晴天的傍晚施用，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
7、避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的发挥。