畸形菇主要有以下几大类型：
1.高脚菇菌盖小，分化较差，菇柄较长。发生的原因是原基形成及分化期，菇房缺氧，光照不足，同时温度偏高，影响了菌盖的正常分化和发育。防治方法：加强通风，调节光照和温度。
2.瘤盖菇菌盖表现，主要是边缘有许多颗粒状突起、色浅，菇盖僵硬，生长迟缓，严重时菇盖分化较差，形状不规则，原因是菇体发育温度过低，持续时间较长，致使内外层细胞生长失调。防治方法：调节菇房温度在平菇生长温界限以上，并有一定温差，促进菇体生长、发育、分化。
3.菜花菇菇形象菜花，多分枝，初期原基呈蛋形，膨大、隆起、不分化。后期有多分枝。原因是出菇前或出菇期间菇床或菇房喷洒了高浓度的农药，尤其是“敌敌畏”，幼菇极敏感易引起这种病害。也可能是菇房含有其他有害气体：如二氧化碳浓度过高、燃煤释放二氧化硫等。防治方法：菇房慎用农药，使用时浓度不可过高。尤其出菇期不允许使用敌敌畏，加强通风换气、排出有害气体。
4.萎缩菇菇体初期正常，在膨大期即泛黄、水肿状或干缩状，而停止生长，变软腐烂。水肿状原因是湿度过大或有较多的水直接喷在幼小菇体上，使菇组织吸水，影响呼吸及代谢而停止生长死亡。干缩状是因为空气相对湿度较小，通风过强，风直接吹在菇体上，使平菇失水而死亡。或者培养基营养失调，形成大量原基后，有部分迅速生长，其余由于营养供应不足而停滞。防治措施：控制湿度在80～85%之间，不要向幼小菇体上喷水，不让风直接吹在菇体上。合理配比培养料成分。少数萎缩菇是由于菌种退化，症状是菌盖尚未长足够大即反卷、发黄、萎缩。防治方法：选用优良品种。
5.珊瑚菇原基分化不正常、松散、多细小分支，形状象珊瑚。原因是原基发生时，严重通风不良，光照极弱，氮源欠缺。防治：加强通风和光照调节碳氮比例，添加氮源。
畸形菇的表现形式是多种多样的，生产上常见的主要有："地雷菇"、"空心菇"、"大屁股菇"、"硬开伞和早开伞"、"红根"、"水锈斑"。
"地雷菇"。形成的原因主要是覆土材料过粗，土质偏硬，覆土较厚，覆土层表层含水较少，而其下部及基料的温湿条件又适合子实体发生和生长，故易在料表或覆土层中下层分化形成子实体，然后钻出土面。解决办法：选取优质腐殖土，使用草炭土，即使在一般耕地取土且挖取20厘米以下的生土也不要紧，可按比例掺入一定量的腐熟牛粪或麦糠、稻壳等；在取土、晒土及处理过程中，应予过筛，使土粒大多保持与小麦粒大小相当，的可有玉米粒的1/2左右，并伴有部分土粒；覆土不必过厚，一般3厘米左右即可，有条件的可先覆一层厚1-1.5厘米的粗土，后覆细土，并注意使其保持相应均匀的含水率。
"空心菇"。是由于覆土层含水不足，或基料含水偏低，使菇体对维持正常生长的水分的需求得不到满足而形成的。除解决覆土层含水问题外，适当的棚湿是有效的辅助手段，一般可调控在85-90%的范围内，过高过低均不利。
"大屁股菇"。形成的原因是棚温骤升骤降，温差幅度大，或受冷、热空气袭击，菌盖菌柄生长不平衡；或因棚湿过低，而覆土层含水适宜等原因，均可发生大屁股菇。此外，某些化学也可导致该种畸形菇的发生。
"硬开伞"。形成的原因是菇室昼夜温差超过10℃以上，或遇冷空气袭击造成的硬开伞。出菇密度过大，温度过高，湿度过低以及子实体生长快而柄细盖薄等，均会造成"早开伞"。防止方法是在温度聚变时房外加盖帐帘，保持室内温湿度的基本稳定。
"红根"。出菇前高温阶段用水过多，覆土层含水量过大，培养料偏酸以及追施糖料过多、通风不良等都可能形成红根。应注意使覆土的含水量保持在22-25%之间，避开高温时喷水。追肥要适当，糖分要适量。如发现红根，可适当喷些石灰清水。
"水锈斑"。在蘑菇多次喷水后，要求打开门窗0.5-1小时通风换气，以保持室内空气新鲜。否则，菇房内湿度过大，就会使蘑菇表面滞留小水滴，时间稍长形成铁锈色斑点。
此外，某些、油类物质及气体如农村常用的柴油，食用菌上常用的敌敌畏，加温火炉产生的一氧化碳、二氧化碳等，还可导致其他若干种畸形菇发生，应根据具体情况，认真分析原因，对症下药，以免生产受损。
蘑菇发生畸形，多数是由于温差或不利的环境诱发的；也可能与所使菌株有关。常见的畸形蘑菇主要有以下几种：
1.菌柄中空。从外表看起来蘑菇正常，但切掉菇脚，发现菌柄有一部分中空，在一个硬芯周围通常有一个环形空腔。而后，菌柄切面可能裂开再向后卷，使蘑菇外观差，商品性下降。
原因：这主要是出菇期空气湿度低，菇体水分蒸发快，土层过干，子实体得不到水分造成的。
2.菌柄开裂。菌柄竖直开裂有时伴有水平开裂，使菌柄裂片向上、下卷起。
原因：由于蘑菇先生长在非常潮湿的覆土里，而后覆土干燥，后再迅速提高覆土湿度而诱发形成的开裂症状。
3.菌柄肿大。偶尔可见蘑菇菌柄肿大，可能在菌柄基部、中间或顶端。
4.硬褶病。开伞的病菇。从下向上看，颜色苍白，菌褶很浅或不存在。如菌盖破裂，则菌盖通常显得比平常厚。
5.丑形菇。子实体分化看起来模糊不清，经常与秋季潮菇有关。不能正常发育而变成各式各样的丑形菇，从瘤状直至子实体形状尚可分辨但菌盖却奇形怪状。个别的子实体还可能连在一起。
6.水渍病。蘑菇发病症状为清晰可见的进水区，特别在菌柄，如将蘑菇揉挤，就会出水；而且有时成熟子实体会自发地流出大量清澈或有色的液体而后烂掉。
7.隐干腐病。症状与干腐病相似，但能恢复生长并产生正常子实体。是因长期过多喷水所致。
8.菇蕾成丛。产生大量钉头小菇，基本上都不能发育长大。这是由于在环境过于有利形成菇蕾时发生的。
9.蘑菇成团。蘑菇成团指蘑菇成堆发生，这与在形成菇蕾时出现周期性低温有关。
10.菌被。当菌丝长透覆土后；覆土表面着生一层厚厚的白色菌丝。菌被不透水，出菇受到阻碍。这是由于高浓度二氧化碳加上高湿度和高温造成的。补救方法除了调整环境条件外，就是在刚刚发生菌被时立即进行轻微搔菌并重新盖上一层覆土。
11.菇蕾死亡。一般在稍后的菇潮中出现，覆土发菌良好，菇蕾却死亡产生不出菇的小区。
原因：通常是由于覆土里存在不透水的菌丝层导致覆土表面泡水引起。与菌被病相反，起因是蘑菇早期喷水不足，使致密的菌丝定植在干燥的覆土里。
12.带土菇。当蘑菇在太深的覆土里出菇时，经常包着覆土。
原因：出菇误时或覆土表层干燥引起深层出菇。
13.菇体起鳞。菇体上表层鳞片翘起。
原因：对空气干燥的自然反应或菇床的五氯酚钠烟气引起。