芝麻在进行科学肥料施用的时候需要掌握下面几点：
首先要施足基肥，每亩施优质农家肥2500千克，配施过磷酸钙25千克-30千克，有机肥不足时加施尿素5千克。施用前降磷肥与农家肥混匀堆沤15天以上，在浅耕灭茬时翻施于土壤。开花结蒴期是芝麻生长旺盛时期，也是需肥高峰期，吸收养分占总量的70%左右，必须增施化肥满足需求。实践证明：追施化肥可增产30%以上。追肥方式是地面施氮肥，根外喷磷肥、钾肥和硼肥。于初花期，每亩追施硫酸铵10千克-15千克或尿素7.5千克-10千克，同时，用 0.4%的磷酸二氢钾与0.2%的硼砂混合溶液进行叶面喷施，5天左右喷一次，连喷2次。
早施苗肥：
芝麻因为种子较小，加上往往底施氮肥施用过多，容易使幼苗旺长，形成高脚苗。
因此，芝麻要结合早间苗、早定苗，看苗早施一次以性肥料为主的苗肥，施好苗肥是芝麻早发健长的重要措施。苗期肥以稀释腐熟的人粪尿或尿素为好，一般在定苗后每亩追施尿素2～3公斤，旱情较重时要先抗旱再追施或用稀薄人粪尿稀释后浇灌。对苗势较差的，还要采取“开特餐”的方法，追施提苗肥。芝麻追施苗肥，还要根据芝麻根系较浅的特点，尽量浅施或重点施于根部。
巧施蕾肥：
芝麻现蕾期正进入花芽分化时期，这时植株营养生长和生殖生长同时并旺。