生物肥料的施用关键有下面四点需要我们注意：
一是有机肥与无机肥相结合不少菜农无论冲施还是追施，均以化肥为主。虽然有些冲施肥含有腐殖酸，但无机肥多以硝铵、尿素等氮肥为主，短期内蔬菜长势好，但缺乏长期效应，应与有机肥结合施肥。
二是追施肥与冲施肥相结合选用肥料以多元复合肥为主，采取追施与冲施相结合的办法，一方面解决表层根需肥问题，另一方面追肥能活化土层，增加根系，缓解肥效。
三是大水与小水冲施相结合不少菜农无论苗期、结果期均以大水冲施肥，使得肥水过大，引起苗病、烂根、沤根。水小容易干枯，无论生物肥、有机肥、化肥都要看苗用肥，合理用量。
四是生物肥与化肥相结合“百事康”微生物有机肥富含十几种有益菌，具有活化土壤，调节养分的功效，与无机肥配合施用，能解除肥害，增加土壤有机质，促进根系发育。
1.要想提高生物肥料的施用效果，必须注意以下6点：一是了解生物肥料的生产日期、使用量、使用方法等有关资料，在有效期内施用。贮存时要避光、通风、干燥。二是要了解微生物的作用，适用作物及施用技术，如根瘤菌用于豆科作物可共生固氮，豆科作物不同品种又有不同的根瘤菌肥。三是提倡“早、近、匀”的施用技术，即施用时间要“早”，一般作基肥、种肥与苗肥施用；施入距离作物根系要“近”；种子与苗肥要拌“匀”。四是提倡与有机肥混施，可以提高施用效果。五是避免阳光长时间直射，施后及时覆土。六是不宜与化肥、杀菌剂农药混用，以免影响肥效。
2.使用硅酸盐细菌、磷细菌、根际固氮菌、根瘤菌等生物肥时，如果使用方法不当，效果就会很差。