蔬菜苗期病虫害一定要选好合适的农药进行喷施。一般猝倒病的防治可用杜邦易保水分散性粒剂800-1000倍、70%敌克松粉剂1000倍、50%多菌灵粉剂500倍、58%甲霜灵锰锌粉剂500倍或 72.2%普力克水剂600倍液喷洒;立枯病的防治可用70%敌克松粉剂1000倍、70%甲基硫菌灵粉剂1000倍喷淋;两病混发时可用50%福美双可湿性粉剂800倍加上72.2%普力克水剂600倍液喷。以上药剂隔7-10天一次，视病情连防2-3次。
蔬菜苗期主要害虫有小地老虎、蝼蛄、金针虫、蜗牛等。
小地老虎。俗名“土蚕”“地蚕”“切根虫”。主要为害茄果类、瓜类、豆类、十字花科等春播（栽）蔬菜幼苗。幼虫灰黑或黑褐色，体表粗糙，体长37-47毫米。幼虫将蔬菜幼苗近地面的茎部咬断，使整株死亡，造成缺苗断垄，严重时甚至毁种。
蝼蛄。俗名“土狗子”“拉拉蛄”。食性杂，能为害多种蔬菜和农作物幼苗。成虫体长36-55毫米，体肥大黄褐色。成虫在土中咬食种子和幼苗，咬断幼苗嫩茎，或将根茎部咬成乱麻状，造成缺苗断垄。将土面串成许多隆起的隧道，使根土分离成“吊苗”，使幼苗成片死亡。
蛴螬。蛴螬是金龟子幼虫，又叫白地蚕。为害多种蔬菜。老熟幼虫体长35-45毫米，全身多皱褶，静止时弯成C型。幼虫咬断幼苗根茎，造成缺苗断垄。还可蛀食块根块茎，使地上部生长势衰弱，降低产量和质量。
金针虫。金针虫是磕头虫的幼虫，俗称“黄蛐蜓”“啃根虫”等。为害多种蔬菜，幼虫长约23毫米，圆筒形，褐黄色有光泽，幼虫蛀食种子和幼根，使蔬菜苗期干枯死亡，也可咬洞穿入茎内，蛀食茎心，造成植株死亡。
蜗牛。俗名“水牛”。为害甘蓝、花椰菜、萝卜、豆类、马铃薯等多种蔬菜。贝壳中等大小呈圆球形，壳高19毫米，宽21毫米。以成贝和幼贝在潮湿阴暗处，常在雨后爬出来为害蔬菜，取食作物茎、叶、幼苗，严重时造成缺苗断垄。
苗期主要病害有立枯病、猝倒病、灰霉病、黑根病及沤根。
1、立枯病
茄果类、瓜类、十字花科类莴笋和芹菜等苗期受害重，主要为害时期是苗床幼苗期。苗茎基变褐，病部收缩细缢，茎叶萎蔫枯死。病苗直立而不倒伏故称立枯病。该病是由立枯丝核菌侵染而引起的土传真菌病害。发病适温度17~28℃。高温高湿有利于病菌繁殖蔓延。此外，秧苗过密阴雨天气，苗床湿度过大等环境条件往往加重该病的发生和蔓延。
2、猝倒病
茄果类、瓜类、莴笋、芹菜、洋葱和甘蓝等苗期受害重。主要为害出土后真叶尚未展开时的幼苗。茎基部出现黄褐色水渍状病斑，发展到绕茎一周后变成黄褐色、干枯、缢缩成线状，猝倒死亡。苗床湿度大时，在病苗或其附近苗床上密生白色绵状菌丝。该病是由瓜果霉菌侵染所致。发病适温15~16℃。在低温高湿，幼苗拥挤，光照较弱等条件下幼苗生长缓慢，易发病，严重时引起成片死苗。
3、灰霉病
茄科、葫芦科及十字花科蔬菜幼苗均会受到侵染。蔬菜幼苗在子叶期易感病。发病初期病斑呈水渍状，逐渐变为淡褐色到黄褐色，湿度高时叶片腐烂，表面产生灰色霉状物。该病由灰葡萄孢菌引起。发病适温为15~27℃，当农事操作（如浇水后或遇寒流后保护膜内不排风等）造成低温高湿结露时病害严重。
4、黑根病
花椰菜、甘蓝苗期受害严重。病菌主要侵染植株根茎部，使病部变黑。有些植株感病部位缢缩，潮湿时可见其上有白色霉状物。植株染病后，数天内即见叶萎蔫，干枯，继而造成整株死亡。定植后一般停止发展，但个别田块可造成继续死苗。该病是由立枯丝核菌（无性阶段）侵染而引起的病害。发病适温度为20~30℃。田间病害流行还与寄主抗性有关。如过高过低的土温，粘重而潮湿的土壤，均有利病害发生。
5、沤根
为育苗期常见病害。发生沤根时，根部不发新根和不定根，根皮发锈后腐烂，地上部萎蔫，且容易拔起，叶缘枯焦。幼苗沤根是生理病害。发病与气候条件关系极大，使幼苗呼吸作用受到障碍，吸水能力降低，造成沤根。沤根发生后及时松土，提高地温降低湿度，使其快长新根。