西葫发生茎基干枯，专家分析这种情况可能是枯萎病或蔓枯病引起，建议检查一下茎内部，如果维管束(内心)变成褐色，应是枯萎病。否则是蔓枯病。这两种病害发生有类似之处，即出现茎开裂、流胶的现象。但蔓枯病干枯处生有小黑颗粒，而枯萎病发病处有白色(粉白色)霉层。需准确判断后再用药。枯萎病发病初期用1%申嗪霉素1000 倍液+天达2116喷灌植株，也可以用50%氯溴异氰脲酸600倍+全质性液肥灌根。换茬后定植前对土壤进行消毒，如是绿色生产，用萎菌净或申嗪霉素拌成药土撒入，一般无公害生产可以用85%三氯异氰脲酸100克+20千克细土拌成药土撒入;蔓枯病发生初期用10%苯醚甲环唑1500倍液、或85%三氯异氰脲酸1500倍液喷雾防治。对于发病的植株，可将上述药剂用白面调为糊状，涂抹在病部，7天后换1次。再种植西葫芦时应提前预防此病的发生。如控制好大棚内湿度，并施用生物菌剂或菌肥，促进根系发育，为提高植株免疫能力，可以喷1~2次禾甲安、甲壳素溶液等。
造成西葫芦茎基部腐烂的病害主要是蔓枯病和细菌性软腐病，主要发生在结果期。如果遇到连阴天气，棚室空气湿度大，很容易发生该类危害。
具体的发病原因：1、蔓枯病土传；2、细菌感染伤口。大家都知道西葫芦在摘叶和摘瓜过程中，会造成很多伤口，如果不注意保护伤口，病菌会从此侵染。
防治西葫芦茎基部病害主要用两种途径：1、叶面喷淋药剂，特别是茎基部，可选择药剂：咪酰胺+甲基硫菌灵+松脂酸铜；2、可用上述药剂和成糊状涂抹病斑处，在涂抹前先将腐烂部位的杂物刮除干净。