龙眼根据生长时期不同来进行肥料的巧妙施用：
一、果后肥
在8～9月采果后尽快施一次肥，使迅速恢复树势，促秋梢早萌发和生长充实壮旺。这次肥以施优质的有机肥为主，如浸沤腐熟的饼肥、厩肥和土杂肥等，并混入部分性复合肥。施肥量占全年用肥量的50%以上。
二、花前肥
于1～2月施下，目的是促使花穗壮旺，花器发育良好。这次肥以施氮肥为主，配合适量的磷、钾肥。但要注意勿过量施用氮肥，以防徒长。
三、促梢壮穗肥
于4月上、中旬施下，目的是促使抽生夏梢，增大花穗和提高座果率。可结合施用土粪肥，适当增施钾肥。
四、壮果促梢肥
于6月中、下旬幼果迅速膨大时施下，目的是促使果实迅速发育增大和夏梢萌发，生长充实壮旺。这次肥以氮肥为主，配合磷、钾肥。
此外，7～8月初，果肉迅速生长，根系吸肥力旺盛，施以沤熟的粪肥或加施磷、钾肥，同时喷施壮果蒂灵液体增粗果蒂，提高营养输送量，对提高产量，减少后期落果有明显作用，对减轻大小年结果现象也很有效。
如肥源不足，则2～3月抽穗期、4～5月夏梢抽生和果实膨大期，以及9～10月采果后这三次肥是必需的。
丘陵山地果园可于秋冬或初春对园土进行翻耕，以抗旱保水和使土壤通透性良好，以利根系生长。同时，可用火烧土、塘泥、垃圾泥等进行培土。围田果基可于秋末冬初培河泥1次，有增肥、保湿、除虫、灭草和防寒等功效；也可全园喷施新高脂膜液体保温防冻。
龙眼年生长周期肥料的分配原则与荔枝的大同小异，也就是说，龙眼的年生长周期也可以划分为：秋梢生长发育期(采果后至11月)；花芽分化诱导期(12月至来年3-4月)；果实生长发育期(4月至7-8月)。
在采果前后至9月中旬施促梢肥。龙眼的秋梢是第二年形成结果母枝的重要枝梢。秋梢的抽生期，抽生的数量和质量，直接影响和决定第二年的产量。如果当年结果多，夏梢和秋梢长势不旺，在采果后至11月前，还应补施高氮复合肥，如25-5-10腐殖酸(S)或20-10-10腐殖酸(S)复合肥，促进秋梢快发。促梢肥是全年重要的施肥时期。施肥的目的是恢复树势，促进适时抽生数量多、质量好的秋梢，为丰产稳产提供。此期往往值秋旱，因此施肥必须结合灌水，以充分发挥肥效，如此方能秋梢适时抽生。
在11月中下旬至12月上旬，秋梢老熟前后，为控制冬梢抽生，不可施氮肥，但可增施一次高磷钾肥或钾肥，如氮磷钾比例为1：3：3的复合肥。根据分析，龙眼花芽分化与秋梢叶片中钾含量有密切有关。因此，在秋梢老熟期增施一次钾肥，对促进花芽分化，提高秋梢第二年抽穗率有明显的效果。
龙眼花穗开花后(3-4月)，受气候条件影响较小，只要花芽分化良好，形成结果母枝数量多，质量好，抽穗率高，就能获得高产。因此，龙眼产量高低，很大程度上取决于结果母枝的数量和质量。因而提高抽穗率和花穗的质量是保花保果的有效措施。除其他栽培措施，如疏花方法外，施肥上要注意如下两点：
1、立春前后施花穗前肥，以促使花芽分化和花穗发育，提高抽穗率和增大花穗。春分至清明施花前肥，以促进花穗正常开花结果，减少后期落果，促进幼果发育，对提高产量有明显作用。5-6月间的幼果发育期施壮果肥，减少后期落果，促进幼果发育，对提高产量和品质有明显作用。花穗前肥和幼果肥以高氮复合肥，如20-10-10(S)复合肥为宜。
2、根外追肥。在谢花后，幼果发育期，每隔15天左右喷射0.3%尿素加0.2%磷酸二氢钾2-3次，对提高座果率，促进幼果发育均有良好效果。