到目前为止，全国已获得国家批准登记的微生物肥料只有400多种，实际上生产的厂家已超过2000多家，市场上销售的微生物肥料良莠不齐，为了维护广大农民的切身利益，在选购、应用时应注意以下几个问题：
1、没有获得农业部登记证产品不能购买国家规定微生物肥料必须经农业部指定单位检验和正规田间试验，充分证明其效益、、后由农业部批准登记，而且先发给临时登记证，经3年实际应用检验可靠后再发给正式登记证，正式登记证有效期5年。没有获得农业部登记证的微生物肥料，质量有可能有问题，不要购买和使用。
2、有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。
3、存放时间超过有效期的微生物肥料不要使用目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，过期的微生物肥料效果肯定不好。
4、存放条件和使用方法须严格按规定办微生物肥料中很多有效活菌不耐高低温和强光照射，不耐强酸碱，不能与某些化肥和杀菌剂混合，在使用微生物肥料时必须按产品说明书进行科学保存和使用。
1.选购时要看证。要想选择质量有的微生物肥料，首先要看有没有农业部颁发的生产许可证或临时生产许可证。各省没有资格颁发微生物肥料的生产许可证或临时生产许可证。
2.选择合格产品。
农用微生物菌剂，执行标准GB20287-2006；
复合微生物肥料，执行标准NY/T798-2015；
生物有机肥，执行标准NY884-2012。
3.注意产品的有效期。微生物肥料的核心在于其中的活的微生物，产品中有效微生物数量是随保存时间的增加逐步减少的，若数量过少则会起不到应有的作用。因此，要选用有效期内的产品，用当年生产的产品，坚决不购买使用超过保存期的产品。
4.注意存放和运输过程中的条件。避免阳光直晒，防止紫外线杀死肥料中的微生物;应尽量避免淋雨，存放则要在干燥通风的地方;产品贮存环境温度应避免长期在35℃以上和-5℃以下低温。
5.禁止与杀菌剂或种衣剂混放混用。对于种子的杀菌消毒，应在播种前进行，不用带种衣剂的种子播种。
6.通过合理农业技术措施，改善土壤温度、湿度和酸碱度等环境条件，保持土壤良好的通气状态(即耕作层要求疏松、湿润)，土壤中能源物质和营养供应充足，促使有益微生物的大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其良好增产增效的肥力作用。一般来说，有水灌溉的耕地比干旱地的效果好;有机质丰富、地力肥沃的土壤要比贫瘠的土壤效果好;松散透气、团粒结构好的土壤比板结的土壤效果好;温暖季节施用要比严寒低温施用效果好;与有机肥混合施用比不加有机肥效果好;集中施用(穴施或沟施)、近根施用比撒施效果好;单独施用比与氨态化肥、在作物生长过程中早施比晚施效果好。
7.各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方法，应严格按照使用说明书的要求操作。
土壤板结、土传病害频繁、病虫抗药性增加等成为当前农业生产中令人头疼的问题。为了应对新问题，大家将注意力转向了微生物肥料产品。
在使用微生物肥料的过程中，种植户发现在提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高作物品质作用显着；但是也有用户反映效果不稳定，同一批次的产品在不同作物、不同时期、不同用量的情况下效果差异很大。
经过调查发现，农户使用微生物肥料中存在诸多误区，主要体现在观念和使用方法上，今天就给大家理一下微生物肥料的观念问题：
误区一
用速度评价产品好坏，认为快的就是好微生物产品
微生物在土壤中的生命活动，除了会分解难溶及被固定的元素，增加营养元素的供应量，利用自然界的物质转化为植物生长所必须的物质，促进作物产量提高外，还能产生植物生长刺激素和具有拮抗某些致病微生物的作用，可减轻作物土传病虫害的发生。
化学肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量紧密相关。菌群生长存在生命周期，这一点是微生物肥料与化学肥料和植物调节剂的区别，这也就是为什么微生物肥料性不如化学肥料与植物调节剂的现象。
慢并不意味着菌剂及菌肥是没有效果的，能在较短时间内就可以看到作物长势明显改善的品种也未必是好的微生物肥料产品，其中也不乏一些添加了植物调节剂的产品。
误区二
市面上微生物产品种类混乱，农户分不清使用的是微生物菌剂还是菌肥，甚至有人拿普通有机肥冒充微生物菌肥
目前，微生物肥料有以下三类：
农用微生物菌剂，
执行标准GB20287-2006；
复合微生物肥料，
执行标准NY/T798-2015；
生物有机肥，
执行标准NY884-2012。
普通、精致商品有机肥，
执行标准为NY525-2012，
技术指标为有机质含量大于等于45%，NPK总含量不少于5%。
误区三
认为产品中菌的种类越多，菌数量越大越好
复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。
菌衡量标准为“有效活菌数（CFU）”，单位为“亿/g或亿/ml”，数量不能代表全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌数量越大效果会表现越好。
影响产品使用效果的因素除了菌的种类及数量外，菌的纯度至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。
国家标准规定农用微生物菌剂产品杂菌率分别为：液体≤10.0%，粉剂≤20.0%，颗粒≤30.0%;复合微生物肥料产品杂菌率标准为：液体≤15.0%，粉剂≤30.0%，颗粒≤30.0%：市场上少数不合格产品中会含有致病菌，本意是用有益菌修复土壤，使用了不合格品种，反而会引起致病菌繁殖，导致病害发生。
一般的菌剂有益菌是不会产生菌丝的，有菌丝说明被感染了或者改菌肥的培养基适合杂菌繁殖。
误区四
一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年
微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群。有益菌群能否成为优势菌群关键在于土壤环境是否适合有益菌扩繁，如化肥的超量使用、杀菌剂的频繁使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位。
要确保有益菌群的优势地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌和营造一个适合有益菌繁殖的环境。
误区五
不注重菌株的差异性，认为一种菌就具有同样的功能
少数用户在选购微生物肥料时只注重是不是含菌，而不关注菌的种类和菌株的来源，缺乏对症用菌的意识，使用了不对症的菌品种，产品效果难以发挥，难以达到用户目的。
现阶段在农业部获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂。
不同品种具有的功能不同，微生物肥料的作用会体现在六个方面：提供或活化养分功能；产生促进作物生长活性物质能力；促进有机物料腐熟功能；改善农产品品质功能；增强作物抗逆性功能；改良和修复土壤功能。要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。
不是每一株枯草芽孢杆菌的功能都一样的，同样标明是枯草芽孢杆菌产品功可能会有很大差异。