堆肥的有机原料中加入高纤维质有机物，如稻秆、麦秆、蔗渣、稻谷等，再配合化肥及土壤微生物同时耕入土中，可得良好土壤改良之效果。高纤维提供微生物的栖息环境 微生物并由堆肥及化肥取得了所需营养而大量繁殖，建立良好土壤“生物相”。 微生物在土壤中可分泌大量多醣类黏液、促使土壤团粒化，并在土壤中不断缓慢发酵以疏松土质。
秸秆纤维质可助土壤吸水性、空隙度及排水性，直接促进土壤“物理相”。土壤微生物从而栖息繁衍 并分泌大量生化物质，包括活性酶、抗菌素、抑虫素、溶磷物质、维生素、促长素等等，以改良土壤的“生化相”。秸秆纤维质、有机、无机肥份与菌种的同时投入能促进有益微生物的繁殖进而同步改善土壤 “生物相”、“物理相”及“生化相”之平衡 达到完善土壤改良的效果。
多雨的季节农作物因根部浸水而腐烂，其实烂根的主凶并不是单纯的水分而是溶于水中的硫化氢、氨气、甲硫醇等毒素。这些有害气体一部分由蛋白质分解及氮肥脱氨而产生，另外也有一部分硫化氢由土壤中厌气性菌，如硫酸还元菌施肥不当所产生的氨气，对生物、环境空气有害，在淹水状态下繁殖而产生，这些气体溶于水中接触根部，将会毒害组织而造成烂根，同时病害菌就乘机侵入根部而造成各种病害及落花、落果等现象。
土壤微生物群中，如光合成菌，它在淹水缺氧的条件下 可利用硫化氢、二氧化碳、水及日光或热能，将之转化成单醣类及硫酸根，而硫酸根又能与氨合成为硫酸氨，成为植物的养分。不但产生葡萄糖又使硫化氢、氨气的毒性从泥水中消失，而且还能把它们转变成有用的养分，一举两得，这就是有益土壤微生物的一大功劳。
用微生物肥料进行土壤改良好处
1．增加农作物营养。微生物肥料中重要的品种之一是根瘤菌肥料，施用后其中的根瘤菌可以侵染豆科植物根部，在其根上形成根瘤，生活在根瘤里的根瘤菌类菌体能将空气中的氮分子转化成氨，进而转化成谷氨酸类植物能吸收利用的优质氮素，以满足豆科植物对氮元素的需求。磷细菌肥料，一方面通过磷酸酯酶分解土壤中有机磷化物，另一方面通过微生物代谢，产生无机和有机酸溶解无机磷化物。钾细菌肥料，主要通过钾细菌代谢过程中产生酸性物质，促使含钾的矿物质分解，从而释放钾离子。硅酸盐细菌肥料，在代谢过程中，释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及螯合，改善土壤中养分的供应情况。vA菌根真菌可与多种植物根系共生，真菌丝可以吸收很多的营养供给植物吸收利用，其中对磷的吸收明显。此种菌根真菌对在土壤中活动性差、移动缓慢的元素如锌、铜、钙等元素也有加强吸收的作用。
2．刺激和调控植物生长。微生物肥料在施用后的生长繁殖过程中可以产生对植物有益的代谢产物，如硅酸盐细菌肥料可以促进生长素和其他活性物质的产生；固氮菌肥料可以分泌维生素B1、维生素B2、维生素B12和吲哚乙酸生长素等，这些生长刺激素对作物的生长发育有一定的调节和促进作用。
3．减少或降低植物病虫害。微生物肥料的多种微生物可以诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、苯甲氨酸解氨酶、脂氧合酶、几丁质酶、β一1，3葡聚糖酶等参与植物防御反应，利于防病、抗病。有的微生物种类具有分泌抗菌素的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌，使病原微生物难以生长繁殖，从而降低了作物病虫害的发生。
4．增强抗旱能力。微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
5．改善作物品质。微生物肥料使用后，减少了化肥用量，使农产品品质有良好的改善。有的微生物肥料使用后，可增加产品中的维生素C、糖类和氨基酸含量。
施用方法
1．拌种。先将种子表面用水喷潮湿，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀黏满菌肥即可播种。
2．育秧。做床式或盘式育苗时，可将菌肥拌入育苗土中堆置3天后再做成苗床或装入育苗盘；做营养钵育苗时，先将菌肥均匀拌人营养土中，再做成营养钵。
3．穴施。先将菌肥与湿润的细土拌均匀，施在移栽或插秧的穴内，然后移栽幼苗或插秧。
4．蘸根。将菌肥加适量细土和水拌成泥浆，将移栽秧或扦插苗在泥浆中浸数分钟，然后带浆移栽或扦插。
5．追施。将菌肥配成菌肥水溶液，浇灌在作物行间或果树周围的浅沟内，浇完后即覆土。
6．喷施。有些液体菌肥，可作叶面肥施用，方法是加水后充分混匀，喷洒在叶片的正反面即可。
1.增加农作物营养。微生物肥料中重要的品种之一是根瘤菌肥料，施用后其中的根瘤菌可以侵染豆科植物根部，在其根上形成根瘤，生活在根瘤里的根瘤菌类菌体能将空气中的氮分子转化成氨，进而转化成谷氨酸类植物能吸收利用的优质氮素，以满足豆科植物对氮元素的需求。磷细菌肥料，一方面通过磷酸酯酶分解土壤中有机磷化物，另一方面通过微生物代谢，产生无机和有机酸溶解无机磷化物。钾细菌肥料，主要通过钾细菌代谢过程中产生酸性物质，促使含钾的矿物质分解，从而释放钾离子。硅酸盐细菌肥料，在代谢过程中，释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及螯合，改善土壤中养分的供应情况。vA菌根真菌可与多种植物根系共生，真菌丝可以吸收很多的营养供给植物吸收利用，其中对磷的吸收明显。此种菌根真菌对在土壤中活动性差、移动缓慢的元素如锌、铜、钙等元素也有加强吸收的作用。
2.刺激和调控植物生长。微生物肥料在施用后的生长繁殖过程中可以产生对植物有益的代谢产物，如硅酸盐细菌肥料可以促进生长素和其他活性物质的产生；固氮菌肥料可以分泌维生素B1、维生素B2、维生素B12和吲哚乙酸生长素等，这些生长刺激素对作物的生长发育有一定的调节和促进作用。
3.减少或降低植物病虫害。微生物肥料的多种微生物可以诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、苯甲氨酸解氨酶、脂氧合酶、几丁质酶、β一1，3葡聚糖酶等参与植物防御反应，利于防病、抗病。有的微生物种类具有分泌抗菌素的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌，使病原微生物难以生长繁殖，从而降低了作物病虫害的发生。
4.增强抗旱能力。微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
5.改善作物品质。微生物肥料使用后，减少了化肥用量，使农产品品质有良好的改善。有的微生物肥料使用后，可增加产品中的维生素C、糖类和氨基酸含量。