红薯贮藏期发生了腐烂的原因：
一、一般寄生病菌如黑斑病菌，是贮藏期烂薯的主要病害，其传播途径主要有三条，即薯苗、薯块及土壤。
二、半死物寄生菌如软腐病菌，一般不侵染生活力强的健康寄生组织，当薯块破伤或受冷害生活力减退时，容易侵入。得病后薯块变软，呈水泽状发粘，以后薯块表面长出许多丝状物和黑色孢子。
三、线虫我国南北各薯区均有发生，被茎线虫寄生的薯块，内部组织成为黑白相间的疏松花瓤，即所谓糠心。甘薯的各个部位、病残体及土壤均可传播，一般可在土里越冬，病薯全部是在田间感染，危害较重的在收获时就已经腐烂，发病较轻的，在贮藏期间发病腐烂。防止贮藏期烂薯需从多方面人手：
一、加强田间管理，防止病害发生黑斑病及线虫病一旦侵染是很难防治的，因此必须从栽培技术方面下手：
首先，必须选择不带病源的种薯或薯苗，不从病区引种，病薯不育苗，病苗不下地，选择脱毒种薯。
其次，加强病害防治，黑斑病可用药剂浸种苗，一般50％多菌灵1000倍液杀菌剂浸种10分钟，或2000倍液浸苗基部3分钟；线虫病的防治可在土壤内使用药剂，一般每亩穴施神农丹（涕灭威）1．5公斤～2公斤。
二、采取综合措施，提高抗病能力对于软腐病的防治，则主要从提高薯块生命力，增强抗病力着手。
首先，及时收获，避免机械伤害。气温一旦低于9℃，薯块将会受冷害，为病菌的侵染提供了可能，因此必须选择晴天，及早收获，这样，一方面避免了冷害，同时伤口可以尽快愈合。一些地区等到薯秧全部冻死以后再收获，是非常不科学的，会严重影响贮藏效果。
其次，加强贮期管理，维持薯块的生命活力。甘薯贮藏的适温湿度条件是，温度10℃~15℃，相对湿度85％～95％，在这样的条件下，薯块就能正常地进行新陈代谢，维持生理活动，因此贮藏期的管理主要就是通过采取相关措施，使温度和湿度控制在正常的范围内。
贮藏前期，即入窖后30天内，由于薯块生命活力旺盛，呼吸强度大，放出大量的热量、水汽和二氧化碳，从而形成高温高湿的环境条件，因此这段时间的主要工作是通风降温散湿，温度控制在15℃以下，湿度控制在90％一95％。具体措施就是利用通风孔或门窗，有条件的利用排风扇，加强通风。如果白天温度高，可以采取晚上打开、白天关闭的方法；以后随着温度的逐渐下降，通风孔可以日开夜闭，待窖温稳定在15度以下时可不再通风，这就进入了贮藏中期。
贮藏中期，即前期过后到立春的这段时间，是一年中冷的季节，外界气温很低，同时薯块呼吸作用随着温度的下降而减弱，放出的热量减少，因此窖温降低，是薯块容易受冷害的时期，保温防寒是这段时期的工作重点，使窖温不低于10℃，控制在12℃－14℃之间。具体措施：封闭通风孔或门窗，加厚窖外保温层，薯堆上覆盖草垫或软草。
贮藏后期的管理重点以稳定窖温为主，根据天气情况，一方面适当通风换气，同时注意保温防寒，使窖温保持在合理范围之内。
提醒广大薯农，在进行甘薯贮藏时，一方面要利用当地的贮藏经验，另一方面一定要购买一个温度计，随时了解窖温的变化，根据温度的变化采取相应的措施。总之，红薯贮藏是一个综合性工作，入窖前的薯块质量及入窖后的管理措施均非常重要，缺一不可。
1．收藏偏迟和薯皮损伤。红薯是一种喜温作物，在摄氏14℃以下就停止生长，如果收获时大量挖伤或擦伤薯皮，就为病菌入侵打开了方便之门，这样的红薯入窖后就容易腐烂。
2．薯窖保温条件差。如果红薯窖挖得太浅，或进窖后覆盖窖口过迟，或窖大而贮藏红薯过少，或严冬季节经常开窖取食，使窖内热气保不住，红薯多次遭低温影响。
3．封窖过早换气不够。红薯入窖前期，薯块未进入休眠期，呼吸作用旺盛，温度湿度迅速上升，如果封窖过早，或开窖换气不够，就会造成窖内高温高湿，这样软腐病极易发生。
4．旧窖修整、消毒不好。凡贮藏过红薯，且烂过窖的老薯窖，窖内都有大量的病菌存在。一旦窖内温度低于9℃、湿度在95％时，病菌就很快侵入薯块而造成"烂窖"损失。
防止贮薯烂窖的方法主要有：1.适时收获，减少损伤。2.严格旧窖消毒。入窖前，要将窖内四周老土层清理出去，再用柴草熏烧15分钟左右，并用高锰酸钾或杀菌灵消毒剂喷洒进行消毒，然后在窖底撒一层新鲜生石灰、石灰上铺一层沙土，分层堆放红薯。3.适时封窖，注意通风保温。入窖后15％～20天内可不封窖，保持15－16℃，湿度80％－90％，这段时间要注意通风。此后为贮藏期，温度控制在13至15℃为宜。严冬封窖后不要经常开窖，并防止雨雪入窖。