葱秧在生长期间，常有一些病、虫为害。主要的病害有白粉病、霜霉病和枯萎病，主要的虫害有蝼蛄、和潜叶蝇。其防治应采取农业防治、生态防治、生物防治、化学防治等综合防治措施，其方法有：ａ、实行严格的耕作制度，要进行合理轮作，避免连作。ｂ、选用高抗品种和多抗品种，并对种子进行消毒。ｃ、坚持田园内的枯枝落叶和田埂杂草，前茬作物收获后，对土壤进行深翻晾晒。ｄ、根据国家对绿色食品生产的有关规定搞好药剂防治，科学选择农药，施用农药，大力推广应用生物源农药、植物源农药和高效、低毒、低残留化学农药。按照国家无公害食品生产标准，限制使用菊酯类中等毒性化学农药，严禁使用有机磷等高毒、高残留农药，用药不要单一，要合理轮换，配合用药。并注意收获前15-20天不能用药。病害的具体防治方法：
（1）灰霉病。发病初期轮换喷施50%腐霉利或 50%异菌脲，50%农利灵可湿性粉剂1000—1500倍液，或25%甲霜灵可湿性粉剂1000倍液，或50%多双灵可湿性粉剂800倍液喷雾。
（2）白粉病。播种后约5周喷洒50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液，50%异菌脲可湿性粉剂1000—1500倍液灌根淋茎。
（3）霜霉病。发病初期喷洒90%三乙磷酸铝可湿性粉剂400—500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，50%甲霜铜可湿性粉剂800 —1000倍液，64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，72%普力克水剂800倍液，隔7—10天喷一次，连防2—3次。
（4）葱地种蝇。在成虫发生期，用 21%灭杀毙乳油6000倍液，2.5%溴氰菊酯乳油3000倍液，20%菊马乳油3000倍液，隔7天喷一次，连喷2—3次。
（5）葱斑潜蝇。用 1.8%啊维菌素乳油3000倍液，或用1.8%绿杀得乳油2500倍雾防治。
1.紫斑病：清洁田园，轮作，合理追肥，注意排水，喷洒75%百菌清可湿性粉剂500倍液—600倍液或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液等，7天—10天喷洒1次，喷洒3次—4次。
2.葱锈病：施足有机肥，增施磷钾肥，施用敌力脱3000倍液或代森锰锌1000倍液或百菌清500倍液喷雾，10天喷洒1次，喷洒2次—3次。
3.大葱软腐病：保持田间排水畅通，施用77%丰护安500倍液、72%农用硫酸链霉素4000倍液。
4.霜霉病：喷洒75%百菌清可湿性粉剂600倍液、50%甲霜铜可湿性粉剂800倍液—1000倍液等，隔7天—10天喷洒1次，喷洒2次—3次。
5.灰霉病：发病初期轮换施50%速克灵或50%扑海因或25%甲霜灵可湿性粉剂1000倍液，或50%多双灵可湿性粉800倍液喷雾。
6.葱蓟马：杂草，保持田间清洁，0.3%苦参碱水剂1000倍液，或50%辛硫磷乳油1500倍液，或20%复方浏阳霉素乳油1000倍液等。