在番茄的栽培中，除应保留的侧枝外，将其余侧枝全部摘除的操作过程，即打杈。科学的打杈是番茄高产栽培中非常重要的一环。然而，很多的菜农对这一环节缺乏足够的重视，认为无关紧要，从而引起一系列的不良后果。所以打杈时要注意以下事项。
（1）注意杈的生长速度，做到适时打杈。菜农的做法往往是杈无论大小，见了就打。当然，打杈过晚，消耗养分过多，会影响坐果及果实膨大。但是，在番茄生长前期，植株营养同化体积较小，打杈过早，影响根系的生长发育，造成生长缓慢，结果力下降。尤其是早熟品种及生长势弱的品种愈加明显。正确的做法应该是，待杈长到7厘米左右时，分期、分次的摘除。对于植株生长势弱的，必要时应在杈上保留1—2片叶再去打杈心，以保障植株生长健壮。
（2）把握好打杈的时间。在1天中，选择晴天高温时刻进行打杈。早晨打杈产生伤流过大，造成养分的流失；中午温度高，打杈后伤口愈合快，且伤流少；如果下午4点钟以后打杈，夜间结露易使伤口受到病菌侵染。
（3）打杈前做好消毒工作，防止交叉感染。因人手特别是吸烟者的手往往带有烟草花叶病毒及其他有害菌，如消毒不极易引起大面积感染。所以，在进行操作前，人手、剪刀要用肥皂水或消毒剂充分清洗。在打杈时，要有选择性。即先打健壮无病的植株，后打感病的植株，打下来的残体要集中堆放，然后清理深埋，切忌随手乱扔。
（4）适当留茬。很多菜农在打杈时将杈从基部全部抹去。这种做法的缺点在于，一旦发生病菌侵染，病菌很快沿伤口传至主干，且创伤而大，不利伤口愈合。正确的做法应该是打权时在杈基部留1—2厘米高的茬，既有效的阻止病菌从伤口侵入主干，又能使创面小，有利伤口愈合。
1、单杆式整枝每株只留一条主茎，其余侧枝全部摘除，使养分集中供给主茎，果实大，此法适于肥水充足、密植条件下采用。
2、一杆半整枝在单杆整枝基础上，保留主杆花序下面的一个侧枝，结1-2台果后摘心，此法能提高早期产量。
3、双杆整枝保留主茎，再留一条花序下叶腋抽生的侧枝，任其生长形成双杆，其余侧枝全部摘除，此法应适当放宽株行距，或者在肥力不足、亩株数不足及缺塘时可采用此法。
自封顶型的番茄不宜采用单双杆整枝，但也不能任其自由生长，应将过密侧枝摘除。如前述侧根与侧枝的发生有同伸关系，为了使侧根能顺利发生与伸展，侧枝不宜过早摘除，应在侧芽长至7-8厘米时摘除。
番茄生长后期，枝叶繁茂，通风透光不良，容易导致病害，应及时疏除下部老叶、黄叶、病叶和密叶。