菇棚内害虫危害给食用菌发展造成很大障碍。为缓解这一矛盾，现介绍菇棚内的主要害虫及防治方法。
1、菇蝇
幼虫又称菌蛆，主要取食子实体造成隧道而影响品质，且造成的伤口还很易被病菌感染而腐烂。防治菇蝇在不同时期应采用不同方法。此菇前有菌蛆大量发生，可用敌敌畏按0．90千克／100平方米的量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷0．15千克的1％氯化钾或氯化钠溶液(可用5％食盐水代替)；出菇后有菌蛆为害可喷鱼藤精、除虫菌酯，烟碱等低毒农药。(烟碱可自制：取0．50千克烟梗，加水5千克煮沸后取溶液喷洒)。此外还应加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫生存环境，达到防治其为害的目的。
2、菇蚊
菇蚊以幼虫期为害，除在培养料表面蛀食外，有的还结网罩住菇蕾，使菇体不能正常生长。防治方法：采收后喷500--800倍的敌百虫，同时在菇棚门和窗口处还要加上尼龙纱以防成虫飞入产卵、繁殖为害。
3、菌虱
是一种螨类，个体很小，爬行较快，主要取食子实体和菌丝造成危害。防治时首先应杜绝虫源侵入菇棚，因其主要来源于仓库、饲料间的各种饲料里，所以利用仓库，鸡舍等作为养菌室时要消毒，并用石灰刷墙，使用前再用敌敌畏熏蒸1次；培养期间发现菌虱可用棉球沾50％敌敌畏悬挂熏蒸或喷施1％硫酸尼古丁溶液，也可用猪骨头等带腥味的东西喷上亚硫磷等农药后放在培养块附近，把菌虱引诱上去，再取出后烧掉或用开水烫死。
4、线虫
线虫是一种无色的小蠕虫，体形极小，仅1毫米左右。幼虫侵害菌丝体和子实体，开始时菌盖变黑，以后整个子实体全变黑腐烂并有霉臭味。防治方法：蒸料时要使蒸汽充分接触培养料，以杀死全部线虫。出菇后，可用50毫克／千克的硫化锌喷施培养块来防治其为害。
5、跳虫
又名烟灰虫。它具有灵活的尾部，弹跳自如，体具蜡质，不怕水。常分布在菇床表面或潮湿的阴暗处咬食子实体。出菇前发生可用1：1000倍的敌敌畏加少量蜜糖诱杀。或用亚砷酸制剂或有机磷制剂涂于地瓜片上进行诱杀。出菇后一般不能直接使用农药，此时可利用新鲜桔皮0．25--0．50千克切成碎片，用纱布包好榨取汁液，再加入0．50千克温水之后用1：20的比例喷施2--3次，防跳虫有效率达90％以上。
6、蛞蝓
俗称鼻涕虫，系软体动物，身体裸露，无外壳。其畏光怕热，白天躲在砖、石块下面及土缝中，黄昏后陆续出来取食为害，天亮前又躲起来。防治方法：米糠或豆饼加入2％砷酸钙或砷酸铝制成毒饵诱杀，也可用15--20倍氯化钠溶液地面喷洒驱除成虫。晚上9--10点钟是它们集中活动时期，这时可进行人工捕捉。
7、蓟马
成虫黑色，体小，身体略扁，复眼突出，若虫桔红色。其主要吸取菌体汁液，严重时可导致菌体萎缩。防治方法：用40％乐果乳剂1500--2000倍液喷，或90％敌百虫、50％马拉硫磷1000--1500倍液喷雾，防效可达80％--90％。
8、蝼蛄
用毒饵诱杀效果。其配方为敌百虫50克，米糠或麦麸1500克炒香，糖50克，白醋250毫克充分混合后撒于地面上，蝼蛄、蚊类食后立即死亡。
9、其它害虫
伪步行虫、蛀板虫、四斑丽钾等可用鱼藤精500--800倍液喷雾或80％敌敌畏1000--1500倍液喷雾都可取得较好防效。白蚁是南方一大害虫，其主要为害茯灵等菌类。挖巢灭蚁是避免或减少白蚁为害的有效方法。另外还可用臭椿树枝法即将菇棚周围挖一小沟，把新鲜臭椿树枝均匀地放在沟内，用土盖上，对白蚁有很强的驱避作用。
一、保持菇场清洁。菇房在栽培前要清扫干净，并用800倍的敌百虫或敌敌畏溶液均匀喷一遍（用30%敌百虫乳油800倍液，或50%敌敌畏乳油800倍液均匀喷一遍）。室外种菇，要栽培场地周围的杂草，并用250倍的（30%）敌百虫溶液（乳油）喷洒土壤和场地周围。
二、防成虫入室。室内栽培用菌，要将门窗、通风通风孔等用60目的细纱网钉上，防止菇蝇、菇蚊等成虫入室危害。
三、熏杀。室内栽培食用菌，在密闭的条件下，每立方米空间用2—3片磷化铝熏蒸，以消灭室内虫源。
四、处理培养料。每 50公斤 培养料用（20%）三氯杀螨醇15毫升，对水 10公斤 ，均匀喷洒在料上，边喷药边拌料，喷后堆积3天，即可消灭料中虫源（螨虫），或可在培养料中拌入40%的辛硫磷500倍液，均有很好的杀虫效果。
五、喷药杀虫。在出菇前发现有害虫时，可向床面喷洒500倍的（30%）敌百虫溶液或1000倍的杀死溶液或800倍的（50%）敌敌畏溶液（乳油）灭虫。
食用菌的独特生产方式和不同于高等植物的子实体组织结构，要求生产者不能在子实体生长阶段喷洒化学药剂，必须把“防”放在位。采取“预防为主、综合防治”的方针，减少化学农药的使用，提高产品质量水平，采取综合防治措施控制病虫为害。
针对食用菌的栽培特点，其病虫害综合防治措施主要有：
切断病虫害传播途径。食用菌栽培中病虫害的来源途径有三条：一是菌种带虫，带病源；二是培养料和覆土带虫、带病源；三是菇房(棚)内外自然传播。切断这三条传播渠道是病虫害综合防治的重中之重。
环境控制，减少病虫害发生。1.降低料温：如双孢菇发菌料温控制在21℃以下，可有效防治胡桃肉状菌;金针菇发菌温度控制在20℃以下;平菇菌袋在20℃以下可以防止菌袋污染。2.加强通风换气。通风换气是的空气消毒方式，切勿造成闷湿的出菇环境，不通风有百害而无一利。3.光线调节。不同品种有不同的光照度要求。如双孢菇应偏暗一些，而白灵菇则需要强一些。
农艺防治措施。不同的土壤有不同的微生物区系，不同的生态环境有不同的生物群落。实践表明，土棚栽培一般头年好，二年差，原因就是土棚的生态环境越来越差，也就是说病菌多了、虫害多了、空气质量也不好了。为此，必须改善生态条件，优化出菇环境，减少和降低病虫害的发生。
化学防治。化学防治一般用于预防措施，在出菇期间禁止使用药剂防治，因为子实体的组织结构容易产生残毒，影响食用和出口。因此，在出菇期间禁止使用药剂防治，即使万不得已使用，只能在出菇前喷施，而且使用植物制剂、苦碱素等。