近年来，随着机械化程度的不断提高，早稻机插秧面积逐年扩大，由于机插稻缓苗期长，机械移栽植伤根重，新根发生相对比手插早稻发生缓慢，因此，在施肥上有一些不同之点。
肥料运筹。与常规手插早稻相比，机插稻秧苗小、大田分蘖期长，前期吸氮少、中期吸氮量大，在栽培上应“前氮中移”，适当减少基肥中的施氮量，一般占总施氮量的30%。机插稻高产栽培，每亩需施纯氮18~20公斤，氮、磷、钾的配比为1∶0.5∶0.6，基肥、分蘖肥、穗肥的施氮比例大体为3∶3.5∶3.5。磷肥全部基施；钾肥基施、拔节肥用量各半。分蘖肥分两次施用有利于促进分蘖早发、稳发。机插后6~7天施一次，用量占分蘖肥的40%，可结合化学除草每亩施尿素5公斤左右，栽后15天施余下的分蘖肥。
机插稻的分蘖发生节位低，分蘖期长，为将群体穗数控制在适宜范围内，在施用的考虑上重点是改进分蘖肥的施用时间，以调节利用适合分蘖节位和控制中期群体，并增加穗肥的施用，促进颖花分化而争取大穗。
机插稻伤根重，插入田中后的新根发生缓慢，如果基肥过多无法利用，如果早稻生长期前期低温阴雨天气，很容易造成肥害僵苗；也会因移栽后灌水和排水的频繁，造成肥料的严重流失，降低了肥料的利用率。因此，合理的施用方法一般在机插后7天长第2心叶时，施次返青分蘖肥，并结合使用小苗除草剂进行化学除草。在机插后12~14天再施一次分蘖肥，栽后18天左右视苗情可再施一次肥，一般掌握在有效分蘖叶龄期以后，能及时退劲为宜。切忌过多、过迟施用分蘖肥，否则会导致群体过大，影响成穗率和大穗的形成。
穗肥可根据苗情作适当增减，缺肥田块应早施。施用合理有利于巩固穗数和争取大穗，但要防止叶面积过度增长，以形成合理的冠层结构，利于提高结实率和千粒重。机插早稻施用穗肥，一般分促花肥和保花肥两次施用。机插稻施促花肥，其作用是促进穗枝梗和颖花的分化。增加每穗颖花数。一般在穗分化的始期，即叶龄余数13.5左右时施用，并可结合具体苗情而定，即叶片正常褪淡，可每亩用尿素7.5~10公斤追施；若叶色较深不见褪淡，可推迟并减少施用量；若叶色较淡的，可提前3~5天施用促花肥，并适当增加用量；如叶色一直较深的也可不施。保花肥一般在出穗前18~20天施，具体时期可通过田间观察，即临田剥查10个以上单茎的叶龄来确定。当50%的有效茎蘖叶龄余数不超过1.2叶时，为追施保花肥的适期，一般每亩用量为尿素7.5公斤左右，对叶色浅、群体生长量小的可多施，但每亩尿素不宜超过10公斤；如果叶色较深或浓绿的，则宜少施或不施。