以下为菇病害虫的种类和农药防治方法：
一、菇蝇菇蝇幼虫又称菌蛆，主要取食子实体造成隧道而影响品质，且造成的伤口还很易被病菌感染而腐烂。防治菇蝇在不同时期应采用不同方法。此菇前有菌蛆大量发生，可用敌敌畏按0.90千克/100平方米的量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷0.15千克的1%氯化钾或氯化钠溶液（可用5%食盐水代替）；出菇后有菌蛆为害可喷鱼藤精、除虫菌酯，烟碱等低毒农药。（烟碱可自制：取0.50千克烟梗，加水5千克煮沸后取溶液喷洒）。此外还应加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫生存环境，达到防治其为害的目的。
二、菇蚊菇蚊以幼虫期为害，除在培养料表面蛀食外，有的还结网罩住菇蕾，使菇体不能正常生长。防治方法：采收后喷500~800倍的敌百虫，同时在菇棚门和窗口处还要加上尼龙纱以防成虫飞入产卵、繁殖为害。
三、菌虱菌虱是一种螨类，个体很小，爬行较快，主要取食子实体和菌丝造成危害。防治时首先应杜绝虫源侵入菇棚，因其主要来源于仓库、饲料间的各种饲料里，所以利用仓库，鸡舍等作为养菌室时要消毒，并用石灰刷墙，使用前再用敌敌畏熏蒸1次；培养期间发现菌虱可用棉球沾50%敌敌畏悬挂熏蒸或喷施1%硫酸尼古丁溶液，也可用猪骨头等带腥味的东西喷上亚硫磷等农药后放在培养块附近，把菌虱引诱上去，再取出后烧掉或用开水烫死。
四、线虫线虫是一种无色的小蠕虫，体形极小，仅1毫米左右。幼虫侵害菌丝体和子实体，开始时菌盖变黑，以后整个子实体全变黑腐烂并有霉臭味。防治方法：蒸料时要使蒸汽充分接触培养料，以杀死全部线虫。出菇后，可用50毫克/千克的硫化锌喷施培养块来防治其为害。
五、跳虫跳虫又名烟灰虫。它具有灵活的尾部，弹跳自如，体具蜡质，不怕水。常分布在菇床表面或潮湿的阴暗处咬食子实体。出菇前发生可用1:1000倍的敌敌畏加少量蜜糖诱杀。或用亚砷酸制剂或有机磷制剂涂于地瓜片上进行诱杀。出菇后一般不能直接使用农药，此时可利用新鲜桔皮0.25~0.50千克切成碎片，用纱布包好榨取汁液，再加入0.50千克温水之后用1:20的比例喷施2~3次，防跳虫有效率达90%以上。
六、蛞蝓蛞蝓俗称鼻涕虫，系软体动物，身体裸露，无外壳。其畏光怕热，白天躲在砖、石块下面及土缝中，黄昏后陆续出来取食为害，天亮前又躲起来。防治方法：米糠或豆饼加入2%砷酸钙或砷酸铝制成毒饵诱杀，也可用15~20倍氯化钠溶液地面喷洒驱除成虫。晚上9~10点钟是它们集中活动时期，这时可进行人工捕捉。
七、蓟马蓟马成虫黑色，体小，身体略扁，复眼突出，若虫桔红色。其主要吸取菌体汁液，严重时可导致菌体萎缩。防治方法：用40%乐果乳剂1500~2000倍液喷，或90%敌百虫、50%马拉硫磷1000~1500倍液喷雾，防效可达八、蝼蛄用毒饵诱杀效果。其配方为敌百虫50克，米糠或麦麸1500克炒香，糖50克，白醋250毫克充分混合后撒于地面上，蝼蛄、蚊类食后立即死亡。
九、其它害虫伪步行虫、蛀板虫、四斑丽钾等可用鱼藤精500~800倍液喷雾或80%敌敌畏1000~1500倍液喷雾都可取得较好防效。白蚁是南方一大害虫，其主要为害茯灵等菌类。挖巢灭蚁是避免或减少白蚁为害的有效方法。另外还可用臭椿树枝法即将菇棚周围挖一小沟，把新鲜臭椿树枝均匀地放在沟内，用土盖上，对白蚁有很强的驱避作用。
平菇属真菌门担子菌纲伞菌目侧耳科侧耳属，又名侧耳、糙皮侧耳，因其具有很高的营养价值和药用价值，是世界上广泛栽培的食用菌之一，也是中国栽培量的食用菌。平菇生产具有抗逆性强、适应性广、产量高、生长周期短、栽培工艺相对简单、生产成本低等特点，一直被广大菇农所认可。然而，病虫害的发生却对平菇的质量和产量产生了巨大的影响。由此导致菇农在实际生产中遇到病虫害时，盲目施用甚至滥用农药的现象时有发生，使原本深受消费者喜爱的平菇也出现了某些有害成分超标现象，给产业发展带来很大的负面影响。因此，了解和掌握平菇常见病虫害发生的种类，并采取相应的有效对策，是平菇取得优质高产的。现结合多年的生产实践经验，总结分析草栽平菇的病虫害发生机理及防治机制。
选用优良脱毒菌种，是菌种不带任何病毒病菌、确保菌丝健壮、提高菌丝抗性的有效措施。脱毒菌种，系采用先进的分离培养技术，历经菌丝至勘探基或子实体的四全循环的脱毒操作，培育出来的菌种。脱毒菌种除保持原菌株的生物特性外，其自身不携带任何病毒病菌是其优势之一；由于在脱毒过程中人为调控基质及温度，又使其大大提高了对外界条件的适应性及抗逆性，这是脱毒菌种的优势之二；脱毒过程的同时又是一个恶劣条件下的驯化过程，使菌种自一开始就生长在相对环境中，在逐渐的生长发育过程中自然增强抗性、提高抗病性，这是脱毒菌种的优势之三。综合结果表明，使用脱毒菌种的综合发病率下降60％以上，从而为栽培生产奠定了良好的基础。
严格菇棚及栽培环境中的消毒处理，是消灭残存病毒病菌的主要手段。栽培菇棚，尤其是老菇棚，由于长期栽培形成的易病条件和栽培中病害的遗留菌丝、孢子等，再次栽培时极易形成危害，这也就是为什么老菇棚栽培产量低、病害严重的主要原因。首先，清理菇棚周边环境，诸如粪堆、草堆、垃圾等应清理干净，将杂草类一并，多次喷洒500倍左右的杀菌剂多菌灵类杀菌剂，以清洁环境。其次，对老菇棚应予刮除墙皮，有条件时可将地表铲除1厘米左右，基后兑制50倍蘑菇祛病王溶液，对棚内进行地毯式喷洒，即使墙体、边角、立柱、通风孔等亦应喷洒，不留任何死角，揭去棚膜上的覆盖物，令其暴晒，约5～7天即可启用。该项措施能够较地杀灭棚内病毒、病原菌，其基本原理是：蘑菇祛病王是一种杀菌抑菌剂的复配，对病毒病菌有着较强的杀伤力。也可使用10倍强优戊二醛溶液、200倍金星消毒液，生产中尽管甲醛的刺激性较大，但配制多甲溶液喷洒杀菌的效果亦很好，一般可按多菌灵：甲醛：水为1：2：100的比例，如果上季栽培时病害较重可适当加大农药浓度。，对原发病害严重的菇棚，可拆除上层架杆、塑膜等物，棚内堆以秸秆杂草，点燃焚烧，将草灰翻入土层中，重新架杆覆膜，再施以喷洒，效果很好，该法采用物理化学结合方式进行杀菌，相对要一些。但具体操作时应选择无风天气，并备有适当的灭火手段，菇棚集中区域应统一行动，此外靠近村庄、建筑物的菇棚不要采用该法，以免发生火险。
对覆土材料进行有效处理，是防止带病进棚的重要环节。覆土材料的杀菌处理，我们倾向于暴晒、、堆闷的办法，选择覆土材料后，在硬化地面进行暴晒，随着翻动，使土粒保持在0.5厘米以下的粒度，多为粉末状，配制100倍蘑菇祛病王溶液边喷边拌，反复2次，建棚后覆膜进行堆闷，效果极好。
基料处理要严格，这是确保“不带病进棚”的关键环节。该阶段包括干料的暴晒处理，堆酵处理的均匀一致和装袋播种的规范化、熟料接种以及培养发菌等环境的清洁杀菌。完成发菌后，菌袋进棚前应配制200倍蘑菇祛病王溶液，盛于大盆等容器，将菌袋逐浸洗一遍后再进棚。
菇棚内经常喷洒杀菌抑菌，是出菇管理过程中主要的预防手段。自菌袋进棚或基料进棚播种后，即应经常喷施，以达预防病害之目的。由于棚内相对密闭，通气相对较差，加之空气湿度偏高和温度较恒定，故可诱使病害的发生。
将病害消灭在萌芽之中。初发之时，是防止病害大量繁殖形成危害的主要措施。对初发病害，应下狠心进行处理对菌袋立体栽培的，连同发病菌袋清理出棚，浸药后深埋处理。数量较大时，可喷药后进行堆闷，也可撒拌石灰粉后进行堆闷，方法是；建堆后，用稀泥巴将料土堆封堆，令其自然发酵、产热，杀死病菌。对覆土栽培的，应扩大病区范围连同基料一控到底，清理出棚。
有效防止和杀灭害虫，也是防治病虫害的重要措施之一。大多害虫往往携带大量病菌，一旦进棚，即可形成“病源”，到处传播，形成蔓延，因此在防治病害的时候，万不可忽视对虫害的控制和杀灭。主要措施有：清理外部环境，喷施高效低毒控制虫源；菇棚门口撒施2米以上石灰过道，以防爬虫类进入；通风口、门口封挂防虫网，以防飞虫类进入；发现虫害后，采取毒饵诱杀方式，效果较好。对菇蚊蝇类，可在出菇间歇期喷洒灭害灵类即可杀灭；也可配制糖醋液诱杀，按高度白酒：糖：醋：水为1：2：3：4的比例配好后，加生产方式3～4滴DDV液，盛于容器，成虫趋味飞入，即可杀死。