在使用微生态制剂的时候应该注意以下问题：
1.用量。微生态制剂的根本作用是以菌治菌的竞争抑制作用，只有当有益菌在适宜的环境中形成优势菌群后，才能有效抑制有害菌株的生长。对首次使用微生态制剂的幼龄动物，前三天应加大使用剂量，先在动物体内建立优势菌群。要发挥微生态制剂治本的预防作用，就必须提前使用。2.活性。使用微生态制剂时，一定要注意菌体的数量和活力。实验表明，随着微生态制剂保存期的延长，活菌数量逐渐减少，其作用效果明显降低。因此，制剂的保存时间越短越好。3.水的质量。饮水使用的微生态制剂，稀释用水要洁净，如用自来水要放置24小时(除氯气)，pH6～8，水温20～30℃，以益生菌的生物活性。4.搅拌均匀。拌料使用的微生态制剂，先加少量饲料拌匀，再按比例加入饲料，混合拌匀即可饲喂。5.配伍禁忌。严禁与化学药剂、消毒药剂及同时使用。6.保存。尽量低温阴暗处保存，以减少环境对有益微生物的破坏。7.时机。发挥微生态制剂的作用，必须选择适宜的时机。尤其是对于消化道疾病，当发生肠炎的时候，肠道已经受到严重破坏，再使用任何或微生态制剂，也很难发挥很好的作用。因此，使用微生态制剂重在预防。发生消化道疾病的初期，大剂量使用，会产生良好效果。
（1）要检查该制品是否经国家有关部门批准如获批准在制品的外包装上应有政府部门给予的生产文号，同时要谨防假冒伪劣商品。
（2）微生态制剂不论是药品还是保健品都有有效期你应该注意在有效期内使用。
（3）不同的制品有不同的功效你应该在外包装上或说明书上了解该制品的功效是什么，以便你有的放矢，对症服用。
（4）微生态制剂是一种生物制品，因此要注意保存应避光、防热，有条件的应保存在冰箱内（特别是活菌制剂）。液态制品开瓶后一定要存放在冰箱内，固体制品要注意防潮湿。
（5）服用时不要用微波炉加热，以免杀死活菌或破坏有效成分以在饭前1小时服用为宜，用温开水送服。不要用果汁或牛奶等饮料送服，因为这样不会刺激胃酸的过分产生，可减少胃酸对菌体的杀灭作用。
（6）莫与同服服微生态制剂，特别是活菌制剂时尽可能不要与同时服用，以免直接杀死制品中的活菌。但根据需要可以在医生指导下，两者同时使用，如将胶囊改用针剂。
（7）使用微生态制剂应根据制品服用剂量和次数的要求执行，也应该根据疗程的需要坚持服用，不要中断作为保健品应不断地予以补充，也就是要经常服用。
（8）有严重过敏史和免疫功能低下的人应慎用因这两类人使用微生态制剂会产生不良反应，故应慎用。