雨后形成的高温高湿环境，为各类病虫害的蔓延提供了有利条件，如落叶病、穿孔病、轮纹病、炭疽病、黑星病、梨木虱、白星金龟、椿象、食心虫、蜗牛、污垢 (烟煤)等病虫易发生流行，要根据具体情况增喷杀菌剂和杀虫剂。因此，进行消毒防病十分重要，被水淹的苗木都要进行一次防病工作。
消毒的方式很多，抑制细菌霉菌类的药剂都可以，可在清理苗圃地淤泥杂物的基础上，对苗圃地全面喷施0.5%至1%的波尔多液进行消毒。为避免危害发生，应以提前预防为主，浓度不要高，5天左右喷一次就可以。
若发现猝倒病，应及时用托布津或多菌灵防治。苗木受浸后易感染炭疽病，柑桔柚类苗木则易感染褐腐疫病，可喷施500倍疫霜灵或500倍氧氯化铜等含铜农药，在1.3米以下的树冠内膛和地面喷施即可。
如果发现树木裂皮，大裂口处理可以采用净泥或沙土填口，再用塑料包扎。小裂口可用调合漆、封剪油糊口。有发生流胶的苗木，可将胶刮除后涂农抗120、多菌灵和菌毒清等。对黄化树的处理，可以采取追施多元微肥和硫酸亚铁；用腐熟人粪尿和0.5％硫酸亚铁灌根；追施“一施得”磷钾复合菌剂、夏氏蓝得土壤调理剂、硅钙镁钾肥等。
另外，涝害也会引起根部病害。首先要寻找病根，对整条烂根，要从基部锯除，带出园外烧毁。其次，用药剂灌根，采用挖4条放射沟。树冠达2米的大苗，可灌入20公斤至30公斤50%退菌特可湿性粉剂300倍液和200倍硫酸铜药液。同时，加强病虫防治。