不同类杀菌剂的使用方法不同，杀菌剂大体分三类：
保护性杀菌剂：这类杀菌剂能够保护未被病菌侵染的施药部位免受病菌侵染，需要在作物没有接触到病或病害发生之前，喷药才可收到效果，如铜制剂(波尔多液)，硫制剂(石硫合剂)，代森锰等。
铲除性杀菌剂：这类药剂能直接杀死入侵前的病菌和已被侵染的施药部位，常有消毒作用。如用福尔马林消毒带菌种子。
性杀菌剂：也叫内吸性杀菌剂，这类杀菌剂被植物吸收传导后，可阻止植株各个部位的病菌发展。如多菌灵、托布津、春雷霉素等。
这三大体杀菌剂一定要合理分配使用。
一、杀菌剂种类
目前使用的杀菌剂，其主要作用是阻止病菌孢子萌发或侵入植物体，阻止已侵入的病菌产生新的繁殖体。有的杀菌剂只有个作用，如代森锌、硫酸铜、石灰、石硫合剂等。有的有两个或三个作用，如三环唑、多菌灵、粉锈宁、叶青双等。有两个或三个作用的杀菌剂多为内吸杀菌剂，它们不但在植物体外也可以在植物体内控制住病原菌，使病害不再扩展。因此，在使用杀菌剂前，一定要弄清杀菌剂的作用机制，然后根据不同作物病害对症选择使用。在众多的杀菌剂中，大体可分为以下三类：
1．保护性杀菌剂。保护性杀菌剂仅对作物起保护作用，主要是用于防治病害的侵入，喷施后在作物表面形成一层保护膜，以防止病害和叶片接触。若病菌已经侵入，正处于潜育阶段，保护性杀菌剂则不起作用。因此，保护性杀菌剂在病害发生之前或发生初期使用，喷药后才可以收到保护作物不受危害的作用。在常见的杀菌剂农药中如铜制剂（波尔多液）、硫制剂（石硫合剂），代森锌、代森锰锌、福美双、克菌丹、敌克松、五氯硝基苯、百菌清、百可得、防霉灵、乙烯菌核利、速克灵、异菌脲等属于这一类。
2．性杀菌剂。是在病菌已经侵入田间作物并显现出症状，但尚未造成危害的阶段使用，能抑制病菌的蔓延、扩散，或能直接杀死植物体内的病菌。这类药大多数在植物上具有很好的内吸、传导性，可以从表皮渗入，并扩散到叶、茎等各部位。如多菌灵、舂雷霉素、托布津、三乙磷酸铝、甲基硫菌灵、噻菌灵、咪鲜胺、三唑类、甲霜灵、恶霜灵、醚菌酯、烯酰吗啉、氟吗啉、十三吗啉、三环唑、恶霉灵、嘧霉胺、霜脲氰等均属于此类。如果庄稼已经发病严重并造成一定损失，再喷洒性杀菌剂防治效果较差。
3．铲除性杀菌剂。指能直接杀死入侵前病菌的药剂，常用于消毒，不直接用于作物上。据观察，粉锈宁对小麦条锈病、白粉病，在使用得当时，具有明显的铲除作用。
二、杀菌剂的使用时期
杀菌剂与杀虫剂、杀螨剂不同，杀虫剂、杀螨剂的施用原则是见虫杀虫、见螨杀螨，只要虫口密度达到已规定的防治指标进行喷药防治，就能收到比较满意的效果。而杀菌剂则不同，其施用原则是以预防为主，防治为辅，即在病菌发生危害之前或侵入初期，进行积极用药防治。如病害已发生危害或造成危害之后再用药防治，即使使用的杀菌剂，效果也不太令人满意，有时或许还达不到控制病情的效果，如水稻的稻瘟病、纹枯病，蔬菜的白粉病、霜霉病、软腐病等，就必须在发病前期或初期进行防治，才能控制病害的蔓延。
三、杀菌剂的使用方法
1．田间喷撒（洒）。这是广为使用的常规方法，杀菌剂有多种剂型，如粉剂、微粉剂、可湿性粉剂、可溶性粉剂、乳油、悬浮剂、水剂、烟雾剂等等。应根据包装上标明的剂型、使用方法、防治对象，配成所需浓度，适时施用。喷撒（洒）药粉或药液，要求均匀周到。主要对田间生长着的农作物喷药。在田间喷药时应注意以下几个问题：
一是在防治作物病害时，首先应确定病害的种类，然后选择相应的防治药剂。根据作物的生长期、气候条件和药剂类型考虑使用浓度。一般情况下乳剂的使用浓度比可湿性粉剂低一些。
二是施药时间主要根据病害的发生、发展规律和气候条件决定，同时做好病害的预测预报工作，在病害快要发生前进行喷药防病。用杀菌剂防治作物病害与用杀虫剂防治害虫不同，使用杀虫剂防治害虫有时施一次药即可达到较好的防效，而使用杀菌剂防治作物病害，要多次重复用药，重复施药的时间和次数应根据病菌的侵染特性、药剂残效期的长短和气候条件来决定，一般情况下每隔7-10天喷1次，内吸性强的杀菌剂可每隔10-15天施1次。
三是注意喷药质量，喷药量要适宜，要求喷雾器内有足够的压力，雾点要细。
四是避免用药量大、浓度过高、施药次数过多、时间过短，以免对作物造成药害。
五是根据农药的性质进行合理}昆配，达到增加药效，减少用工量的目的。内吸性杀菌剂长期单一使用，病菌容易产生抗药性，因此使用时应与代森锰锌、无机硫等配合使用，以延缓病菌抗药性的发生。杀菌剂与杀虫剂、杀螨剂，或其他不同杀菌剂混合使用时，还要看这几种药剂的理化性能，是否会发生化学反应，以免影响药效。如代森锰锌不能与铜制剂、汞制剂、强碱性农药混合，石硫合剂不能与波尔多液等铜制剂、机油乳剂及在碱性条件下易分解的农药混合。如在生产中必须使用，用药时应有一定的间隔期，一般间隔期为7-10天。
2．土壤消毒处理。在植物的病害中，有很多是靠土壤传播的。如：蔬菜猝倒病、青枯病、根腐病、根结线虫病等。因此对带菌病土进行消毒，在一定程度上对于减轻病害的发生、发展起到了重要的作用。整体或局部防护，有多种办法。如直接在苗床、土壤中施药，品种有五氯硝基苯等。施法可以配成药土撒施，或直接喷施药粉。如果是液剂，也可配成毒土或直接注入土中。以熏蒸作用杀菌的棉隆等，需在施药后经一定时间才能播种，否则药害严重。
有的可浇灌药液，或随滴灌同时施药于土中。使用方法可以全田施，也可以在播种带施药，以减少药的用量。还有的制成复合型颗粒剂施用。土壤处理有一套复杂的技术，请当地植保部门给予指导。
3．种苗消毒。许多植物病害可以由种苗传播，因此，种苗的化学处理对病害的防治十分重要，是一种经济、有效的防治植物病害的方法。种苗处理中以种子处理为重要，种子处理的方法有：浸种、拌种、热化学法、湿拌法。常用的种子拌种剂有拌种双、福美双、立克秀等多种杀菌剂。