秋菜花病害主要有病毒病、霜霉病、黑腐病、软腐病等。病毒病可用20%的病毒A可湿性粉剂500～600倍液进行喷雾防治；霜霉病可用68.75%银法利对水喷雾；软腐病和黑腐病可用72%农用硫酸链霉素4000倍液进行喷雾防治。
秋菜花虫害主要有蚜虫、菜青虫、小菜蛾、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等。蚜虫可用2.5%的吡虫啉1000～1500倍液进行喷雾防治；菜青虫、小菜蛾、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等可用高效氯氰菊酯乳油1000倍液进行喷雾防治。
成株期主要病虫害有：病毒病、软腐病、黑腐病、菜青虫、蚜虫等。要提倡防，减少治。其预防措施为：
①移栽前1—2天在苗床喷一次药：山推007+农用链霉素+京博保尔；
②定植7—10天喷一次药：霜疫红粉+良方+卡诺夫（或夜明珠）杀虫剂；
③以后每隔7—10天喷一遍杀虫剂，一定要选优质、长效、低毒的杀虫剂，如：京博保尔、卡诺夫、夜明珠、铲除等；
④从莲座期开始，每隔5—7天喷一次药，霜疫红粉+良方（或施大康），以防软腐病、黑腐病、黑斑病等，连喷2—3次。喷药的同时加植物保护伞或硕丰481，均衡植株生长。