肥料有许多不同的种类，不同种类的用法也不同。
锌肥：主要品种为硫酸锌。基施用量为每亩1～1.5公斤，浸种用0.03%～0.05%硫酸锌溶液浸12小时，拌种时每公斤种子用4～6克硫酸锌，喷施浓度为0.2%～0.3%。
硼肥：主要品种为硼砂。基施亩用量为0.5～1.0公斤，用0.01%～0.02%的硼砂溶液浸种6～12小时，拌种时每公斤种子用0.5～1.0克，喷施浓度为0.2%。
铁肥：主要品种为硫酸亚铁。基施亩用量为2～3公斤，与优质有机肥混合条施、穴施效果较好。浸种用0.05%硫酸亚铁溶液浸12小时，喷施浓度为0.3%～0．5%。
未腐熟的农家肥和饼肥不宜直接使用 未腐熟的农家肥和饼肥中含有多种虫卵、病菌，还会产生大量二氧化碳气和热量，直接使用会污染土壤，加快土壤水分蒸发，烧坏作物根系，影响种子发芽。正确的使用方法是，先将农家肥和饼肥充分堆沤腐熟后再使用。
含氯的化肥不宜使用在盐碱地和忌氯作物上 忌氯作物有烟草、水果、甜菜、薯类、西瓜等。
氮素化肥不宜浅施或浇水前施用 氮素化肥施入土壤后一般要转化为铵态氮，容易随水流失或受光热作用而挥发，失去肥效。
铵态氮肥不宜与草木灰等碱性肥料混合使用。
氮肥不宜多施于豆科作物上 豆科作物根部都有固氮根瘤菌，过多施用氮素肥料，不仅会造成浪费，还会使作物贪青晚熟，影响产量。
磷肥不宜分散使用 磷肥中的磷元素容易土壤吸收固定，失去肥效，应先将磷肥与积肥混合堆沤一段时间，再沟施或穴施于作物根系附近。
含磷量较高的肥料不宜多用于蔬菜 蔬菜对磷元素的需要量相对较小。
钾肥不宜在作物生长后期使用 钾肥应提前至作物苗期追施，或作基肥使用。待有缺钾症状时，作物生长已近后期，这时再追肥已起不到多大作用。
稀土肥料不宜直接施于土壤中 稀土肥料用量较小，正确的使用方法是将稀土肥料拌种或用于叶面喷施。
不宜不分作物品种和生育期滥施肥料 不同作物、不同生育期的作物对肥料的品种和数量有不同的需求，不分作物及时期施肥只会适得其反。