棉花合理施肥就要依据气候条件，棉田地力，棉花需肥规律及棉花需肥规律及棉花长相长势，合理运筹肥料，起到培肥地力，促使棉花个体发育和群体发育，营养器官发育和生殖器官发育协调一致，达到棉花生产的优质，高产高效益的目的。
施肥化学肥料是以供给棉花养分为目的，而施用微生物肥料除向棉花提供养分外，重要的是增加根层土壤有益微生物菌群，改善土壤微生物区系，增加水稳性团粒，调整三项比例等土壤物理性状及生物、化学性状从而达到提高土壤肥力的目的。因此，有机、无机相结合，既能获得棉花高产，又能改善土壤，提高肥力。
重施花铃肥。花铃期为棉花一生中生长旺盛的时期，棉花营养生长和生殖生长均出现高峰，需要营养多，适时补充肥料对促进棉桃、防止早衰、多结三桃、增加铃重起到关键作用。施肥上应控制棉株不徒长，对肥力高、植株生长旺盛的棉田可以晚追肥，推迟到盛花期植株下部1～2个大桃时进行；肥力低、长势弱的棉田，花铃肥应在初花期早施重施。一般在7月中、下旬亩施尿素10～20公斤，追施后还要根据天气和棉花长势情况，适时浇水和化学调控。
补施盖顶肥。棉花生长后期，如发现有脱肥现象，如棉株主茎顶部红得早，叶色褪黄过早，盖顶桃结得不牢的早衰棉花，要及时补施盖顶肥。一般在8月中下旬，用1%～1.5%和3%的磷酸二氢钾混合液进行根外追肥2～3次，每次间隔7天，每亩叶面喷施肥液50公斤。
注意施用硼肥。棉花对硼比较敏感，施用硼肥可防治棉花“蕾而不花”症，提高成铃率。凡土壤有效硼含量低于0.5毫克/千克时，应增施硼肥，做基肥每亩用硼砂0.5～0.75公斤与有机肥和磷肥等混合施用。作根外喷肥，一般每亩用0.2%的硼砂溶液50公斤，也可用金地来液体硼肥或20%金地来速溶硼肥50克兑水50公斤，在现蕾期至始花期叶面喷施两次，每次间隔7天左右。