草菇病虫蔓延的主要原因是栽培管理不当，会导致病虫害大量发生。培养料含氮量过高时，鬼伞大量出现，和草菇争夺培养料中的养分，造成草菇死亡，所以配料时要控制含氮量。
用玉米芯、麦秸、稻草作主料时，应添加5%麸皮或4%发酵腐熟的畜禽粪。用含氮丰富的棉子壳作主料时，可不加氮源，但要注意控制螨虫危害。螨虫发生后培养料内的菌丝很快被吃光，床面幼菇大量死亡，在拌料时喷洒800倍液的敌敌畏或敌百虫，防治效果较好。当料面上出现霉菌时，在污染区撒一层生石灰粉，同时加强通风降湿，抑制杂菌蔓延，草菇生长。
草菇的主要虫害有菇螨、菇蝇、线虫等。这些害虫均会吞食菌丝体，使菇枯萎死亡。防止害虫为害，首先要注意菇房及周围的环境卫生。菇螨可用三氯杀螨醇500～1 000倍溶液喷雾，喷雾前停止喷水。防治线虫，一要严格控制培养料的含水量在70％左右，加温消毒时，宜在铺床后6～12小时进行。防止菇蝇的方法有：培养料堆制发酵时要用薄膜盖严；播种时严防菇蝇进入菇房；播种后盖上薄膜再喷些敌敌畏。
草菇的主要病害有褐腐病、褐斑病、菌核病等。褐腐病是常见病害，主要在培养料间蔓延，扩展快，只感染草菇子实体，不感染菌丝体。子实体染病后变成暗褐色，质软且有臭味，坏死。防治方法：培养料进行高温发酵；发现病害，立即停止喷水，并加强菇房的通风，使温度降至15℃以下；摘除病菇，用1％一2％的福尔马林喷洒病区。草菇子实体感染褐斑病后，在菌霉上产生褐色斑点，以后斑点逐渐扩大，发生凹陷，菇体变畸形，枯死。防治方法：防止菌蝇及废弃物进入菇房，并避免高温高湿；发病区用50％多菌灵或O.3％的波尔多液喷洒。菌核病，又称白绢病，子实体被侵染后，表面湿润有粘性，继而腐烂。防治方法：选择无霉变的培养料，使用前曝晒2～3天，然后用石灰水浸泡24小时，捞出沥干，发现病源，用50毫克／千克的井冈霉素喷洒。