综合防治柑桔酸腐病，简单来说，就是全面防治、的防治。
（1）适时采收，能预防发病。
（2）防止果实受伤。采收、装运及贮藏过程中严防果实遭受机械损伤，并注意选择在晴天或露水干后进行采收，贮藏前剔除受伤果实。
（3）积极防治吸果夜蛾类、角肩蝽蟓等吸收式口器的害虫。
（4）药剂浸果处理。采用75%抑霉唑2000倍＋72%24－D乳剂5000倍液，或45%特克多乳剂1000倍＋75%抑霉唑2500 倍＋72%24－D乳剂5000倍液浸果，不但对青、绿霉病、黑腐病，而且对酸腐病均有很好的防治效果。要特别指出，双胍盐因有致癌作用已被禁用。多菌灵、苯来特对酸腐病均无效。
除强调采摘质量、尽量减少机械伤口外，还应采用有效的杀菌剂浸果防治。目前市场上的苯并咪唑类（托布津、多菌灵）、咪唑类（万利得、施保克、戴挫霉等）对酸腐病的防治都无效，只有双胍盐类的百可得是防治酸腐病的有效药剂。因此，柑橘采收后24小时内（边采边浸果）选用“百可得”加咪唑类混用，对综合防治柑橘贮藏期的各种病害能取得良好的防治效果。