棉花在贮藏的过程中其实有许多的原因，所以我们在贮藏棉花的时候要更好的收藏。
1.籽棉要贮藏在仓库中，仓库要干燥。在地面铺上干净干燥的砖，砖与砖之间要留有一定的空隙，宽度不小于20厘米，空气的流通；砖上铺上竹席或苇子等，再堆放棉花。
2.采摘回来的棉花，不要直接在地面晾晒，应铺在竹床或架起的竹帘上晾晒，晾晒速度快，并且不会混入 三丝 。棉花晒到棉籽用牙咬时能够发出清脆的 咔咔 声时，籽棉含水量一般在7.5%左右，能够满足长时间存放的湿度要求。
3.僵瓣花、霜前花与霜后花要根据棉花好坏程度单收单放，僵瓣棉和霜后花要区别于霜前花，应该单独出售。虽然各种棉花混在一起，从表面重量上看会多卖几元钱，但是同时也拉低了出售的所有好棉花的价格，得不偿失。
4.尽量不要用塑料编织袋等包裹装运棉花或用作捆口绳，尽限度防止 三丝 的混入。采摘和装运棉花的袋子、大包改用白色的棉布袋子，收贮人员要戴棉布的帽子，以防止头发脱落混入棉花。
5.圈养鸡鸭，也不要让猫狗等进入放棉花的仓库，以防止羽毛和毛绒等混入棉花，影响销售。
棉花一般存放在专业的棉花储备库内，目前国内的棉花储备库房有砖混仓和钢板仓两种。
储存库要求交通便利、防火、通风、防潮、防霉变等，特别是防火，棉花储备库都是特级防火单位。
一般来说棉花应库内堆垛存放，库外存放要盖苫布。棉垛下要打好垫基（枕木或石块），堆垛时包应平放，上下层交叉压缝。垛与垛之间应留出必要的通道。
棉花库区要设立气象观测百叶箱，每栋库房都要配备温湿度计。保管员应每天查库，测量温湿度，并做好记录。根据天气的变化和库内外温湿度差异，应适时采取通风散湿或关闭仓库等措施。一般库内温度应保持在30℃以下，不得超过35℃，相对湿度不得超过70％，保管中的棉花含水率不得超过10％。