杜鹃茎基腐病发生的原因有很多，主要有以下几个方面。
（1）反复利用基质
在苗圃中，栽培用的基质常常未经消毒就被反复利用，导致基质中滋生了大量的病原菌，为植株发病提供了菌源。
（2）机械伤口：病菌可通过根部伤口侵入植株，移栽时造成根部大量机械伤口，为病菌的侵入创造了有利条件。
（3）土壤pH值
杜鹃喜欢偏酸的环境，生长适宜的pH值为4.5至5.5。当pH值为6.5至7.5时，即表现生长不良。
在pH值高于7.5的碱性条件下，少则数月，多则一年，植株即死亡。偏碱性环境中的植株生长衰弱，抗病能力降低，易诱发病害。
（4）湿度：高湿是导致植株发病的重要因素。浇水过频、过量造成湿度增加，有利于植株发病。
（1）浇水浇水是杜鹃栽培管理中频繁的农事活动之一。宜用雨水、河水、湖水和塘水等软水浇灌，深井水和自来水不能直接用来浇灌。深井水含有钙离子和镁离子，中等偏碱性，使用前应做适当处理。自来水中含有较多的氯离子，可用容器贮存一段时间后再使用。浇水应适量勤浇，只要维持基质湿润即可。采用细孔莲蓬头浇水，这样可减少病菌的飞溅传播。
（2）药剂消毒对于新基质来说，每吨可用0.5千克浸种灵100至400倍液消毒，有较好的杀菌和杀线虫效果。而对于反复使用的基质来说，则应采取加压蒸汽消毒。另外，使用苗菌灵200-300倍液浇灌苗床，还可明显抑制病害的发生和青苔的生长。
（3）调节基质pH值调节基质pH值呈弱酸性，有利于植株生长，增强抗病力。值得注意的是，用浸种灵处理过的基质和苗床的pH值略有升高。
（4）减少植株伤口数量移栽时，宜轻拔轻插，尽量减少根部的伤口，以降低发病几率。
（5）生物防治经试验发现，木霉对疫霉和腐霉有较好的抑制作用，可利用木霉生物防治剂来控制病害的发生。