苹果树干腐病以菌丝体和分生孢子器、子囊壳在病组织中越冬。春季病菌沿病部扩展为害，或产生分生孢子，或子囊孢子，随风雨传播到树体上。孢子萌发后多从伤口侵入，也可从枯芽、皮孔、果实皮孔等处侵入。但只能侵染缓苗期的苗木、幼树或弱树，先在死组织上生长，然后向活组织扩展，有潜伏侵染的特点。6～7月发病严重，幼树正常生长后停止扩展，9～10月又继续发展。
苹果落花后。幼果即受到孢子侵染，6～7月为侵染盛期，果实近成熟期发病迅速，6、7天即烂果。春旱、倒春寒、低洼涝地，前1年旺长的幼树发病重。5～6月多雨则病果率高。红玉、元帅品种受害轻，富士、国光病重。
预防方案
A、果树修剪时的重型剪口和锯口，采用原液涂抹预防病菌侵染。
B、侵染源。及时烧毁病皮、病枝、拣净落果。冬季修剪的树枝应移出果园，防止病菌滋生。剪除病枝干桩。
C、按照综合防治的思路，做好采收后（一般20天左右）、萌芽期、花后的预防用药。发芽前是重点预防时期，春季花前至幼果期是病原接触寄主并潜育的关键时期，也是减少与杀灭病原的关键时期。使用600—800倍液喷施预防具有极强的广谱性，副作用，具体方案见综合防治历。
方案
A、刮除病斑、涂治
重要刮治、涂抹为：早春和晚秋2次刮治病斑。用刀具及时刮除果树病组织，以控制病菌扩散蔓延，并将原液+有机硅药剂均匀涂抹，渗入病部，隔24小时再涂抹一次。对于严重的病斑处间隔7-10天再涂抹第三次。
B、改善土壤酸碱度，提高根系吸收能力。
C、科学修剪。整枝修剪，既能恢复树势，增强抗病能力；又可改善树冠结构，提高光能利用率，增加花芽形成量，为丰产奠定基础。疏花疏果，保产与保树（恢复树势，避免弱寄生菌危害）并重。
D、合理用肥，控制大小年，防治早期落叶，提高树体整体营养水平。