处理棉花种子是病虫害问题的关键，所以掌握种子处理技术显得十分重要。在处理棉花种子问题是我们应注意以下问题。
1．做好种子处理前的准备工作种子经过脱绒处理后，要精选晒种。精选主要是剔除病籽、瘪籽、破籽、小籽。晒种可加速种子后熟，晴天晒种2天～3天。不可在水泥地上曝晒，以防伤及种子的生理活性。
2．药剂种类的选择①用敌克松预防苗期病害，慎用多菌灵。卫福成本较高，不提倡使用。一般地膜栽培降雨少或条播，可用敌克松、多菌灵；在点播、雨水多的情况下，用敌克松或卫福，如克松或卫福，多菌灵应减少用量，甚至可以不用。②预防苗期虫害可拌3911或甲基硫环磷。③预防高脚苗，宜用缩节胺。
3．剂量①敌克松用量为种子用量的0．3%，多菌灵为2．5%，卫福为0．2%②3911或甲基硫环磷的用量不可随意加大，否则易产生药害，一般为种子用量的0．5%为宜。③缩节胺的用量应考虑品种。苗期生长稳健的品种，缩节胺用量应少；而苗期长势旺、易形成高脚苗的品种，缩节胺用量可适当加大；苗期生长稳健且对缩节胺敏感的品种可不拌。缩节胺一般用量不超过种子用量的0．04%。
4．拌种方法拌种时，一般先拌杀菌剂、缩节胺，再拌杀虫剂。分几次拌种操作比较麻烦，按如下办法操作，可取得较好效果。按上述用量，按比例100千克种子需500克3911，300克敌克松，20克～40克缩节胺的用量称好。缩节胺先用少量水化开，喷雾器先加入5千克水，再加入3911及溶解好的缩节胺混溶，边喷雾、边翻堆。次喷一半的药液，稍晾后，喷洒剩余药液。喷洒均匀后，将敌克松粉剂在种子潮湿时拌匀，闷种24小时后，摊开晾干。禁止在烈日下曝晒，否则敌克松见光分解，影响药效。晾干后，装袋以备播种。3911是剧毒农药，应注意人畜。
农民朋友在自己进行种子处理时常由于操作技术不当而发生药害，会严重影响到棉花种子将来的生长。