根据辣椒需肥料量规律和土壤肥力的高低，温室辣椒施肥诀窍在于重施基肥巧施追肥，具体施肥应把握以下原则：
重施有机肥。多施一些腐熟好的有机肥（如鸡粪）。老龄大棚，可增施一些酵素菌肥类生物有机肥。土传病害（特别是死棵病）严重的大棚，应增施一些芽孢杆菌类生物有机肥。
合理选用化肥。化肥作底肥用时尽量选用单质肥料，如尿素、过磷酸钙、硫酸钾。追施复合肥时尽量选用含硝态氮复合肥。在育苗、移栽、定植期施用真根，生根快、毛根多，可缩短辣椒缓苗时间增加幼苗对不良环境的抵抗能力。辣椒连续坐果能力，落花少，产量高，提升品质。
合理分配基肥、追肥的比例。一般情况下，有机肥、微肥、80%的磷肥、50%的钾肥和30%的氮肥混匀后做基肥，其余70%的氮肥、20%的磷肥和50%的钾肥分别做追肥使用。对于部分微量元素如硼砂可叶面喷施。
1、基肥：亩产5000千克，施腐熟有机肥5000～8000千克，经金宝贝发酵剂处理，猪圈粪、人粪尿、土杂肥均可。过磷酸钙25～50千克，掺入硫酸钾25～30千克。整地前撒施60%基肥，定植时沟施40%。
2、苗肥：在12平方米苗床上，施入150～200千克有机肥，撒施过磷酸钙1～2千克，翻耕3～4遍。
3、定植肥：门果以上茎叶长出3～4节，结合浇水追施腐熟人粪尿每亩2000千克。半月后，追施第二次量同前。每亩追施金宝贝发酵过的有机肥1500～2000千克有机肥或硫酸铵40千克。
4、叶面追肥：开花结果期，可叶面喷金宝贝海藻菌肥加0.3%磷酸二氢钾。
5、生物菌肥。生物菌肥不仅含有大量固氮、解磷、解钾活性菌，还含有有机质、腐殖酸和微量元素等，在辣椒的任何需肥期均可与其它肥料配合施用。高质量的菌肥，如金宝贝菌肥，不但可以节约肥料使用量，而且可以解决土壤板结、增加土壤微生物含量等问题。施用菌肥有利于辣椒辛辣味的提高，改善辣椒品质。
辣椒生长期对氮和钾需要量大，需磷较少，生产上要控制好氮、磷、钾的比例。幼苗到初花期需肥不多，应避免施氮肥过多，防止徒长。盛果期需肥量多，三元素的吸收量分别占各自总吸收量的57%、61%和69%以上，此期应肥料的供应，提高产量，增进品质。
原则:施足基肥，科学追肥。即轻施苗肥，稳施花蕾肥，重施花果肥，早施翻秋肥。基肥亩施腐熟厩肥3000公斤，复合肥50公斤，定植前10天左右施。追肥以适量的粪肥作苗肥，忌多施。花蕾肥亩施人粪肥1000公斤加尿素5至8公斤。花果肥亩施畜粪肥2000公斤，磷肥25至40公斤，尿素10公斤，每15至20天一次，共追肥4至5次。翻秋肥亩施畜粪肥1000公斤，复合肥20公斤，于立秋和处署前后各追施一次。