加强水肥管理的要点是首先要合理灌水然后在合理施肥料。
1、合理灌水：协调好灌水与控制棚内空气湿度的关系，既要保持适宜的土壤湿度，又要尽量控制棚内的空气湿度。灌水时要重点把握好三点：一是要注意灌水时间，灌水要在日出前或日落后，禁止在棚内高温时进行（因为此时土壤温度较高，灌水使土壤温度骤然下降很多，严重影响植株根部代谢和吸水能力；同时，高温灌水，蒸发量大而导致棚内湿度加大，高温高湿的环境有利于多种病害发生）；二是要注意及时灌水，满足蔬菜对水分的正常需求，并可起到降低温度的作用，但不可使田间积水，是3—5天灌一水，每次灌水量不要太大，要小水勤灌，是隔行或隔垄灌，推荐采用膜下暗灌或滴灌；三是要注意灌水后及时通风排湿。
2、合理施肥：植株的茎叶生长和开花结果都需大量养分供应，蔬菜所需肥力增加。因此，必须结合中耕除草，增加养分，以满足蔬菜作物丰产的需要，施肥应根据每种蔬菜不同的生长发育阶段和不同的长势特点结合灌水进行。
（1）、积极推广科学配方施肥，改变以往重氮肥、轻磷钾肥的倾向。但施用化肥时，要注意每次数量不宜过多过浓，都不应灌施在植株边或植株上，以免烧根伤叶。
（2）、增施有机肥，建议采用设施蔬菜秸秆反应堆技术，改善生长环境，提高光和效率，提高有机肥的使用量，增加土壤有机质，促进根系发育。
重视有机肥的施用。在大棚蔬菜种植面积发展迅速的地区，很多新菜地更要注重有机肥的施用。只有将大量有机肥混入土壤，使根层土壤性状改善，结构良好，具有缓冲性能后，才有利于蔬菜根系的伸展，提高土壤的保水和保肥容量，减少频繁灌溉带来的养分流失和提高肥料利用率。施用有机肥的数量不能少，一般用量为每亩5-10方。有机肥的种类也要讲究，例如，常见的鸡粪含有大量的磷氮养分，但是碳氮比例较窄。而秸秆堆肥的氮磷含量少，可碳氮比例较宽，如果将二者混合施用就好了。大量施用混合型有机肥，既可全面平稳地供蔬菜养分又可改良土壤，效果会更明显。
水分管理要既看天又看苗。冬季大棚内果菜苗期需要蹲苗，表土干燥可促进根系下扎，因此要少灌水，控水即稳住了生长速度，苗不徒长，好天气时适当通风锻炼菜苗，便可培养出壮苗。到了结果期后灌溉很重要，每次的灌溉时间需要看天，阴天不灌水，寒流袭击不灌水，因为灌水可明显降低土温，影响蔬菜的生长和土壤养分的释放。在同一天内灌水要等太阳出来后再灌才好。结果期的灌水一般要与追肥同步，实现水肥一体化。
基肥与追肥的配合。基肥应深施。在有机肥基础上，适量配施三元复混肥（约30公斤/亩）。复肥的氮磷钾比例要适中，不要突出氮肥，即使在不施有机肥的情况下，也不要选择高氮型复合肥，因为高氮不仅会使苗不壮，还可能引发番茄脐腐病等症状。除了复混肥也可采用单一型氮肥加普钙和硫酸钾或氯化钾。微酸性土壤地区可选用钙镁磷肥，它比其它磷肥更佳。
果菜采收期长，需要边采收边补充养分，才能满足不断开花结果的需要。所以，追肥同样很重要，追肥要采用少量多次的原则，以氮钾肥为主。氮素每次不超过5公斤，肥水配合达到一体化。追肥时期分穗果膨大期的催果肥，第二、三穗果膨大期的壮果肥；进入盛果期后，根系衰弱吸肥能力下降，既可土施追氮钾肥，也可采用根外追肥喷施磷酸二氢钾、硝酸钙或氯化钙、硼砂等成分的水溶肥，以保后期壮株壮果，减少生理病害的发生，提高果品质量。
中微量元素的补充。在高产和新菜地大棚蔬菜生产中，要适当注意中微量元素肥料的补充，因为果菜对钙、镁、硼等养分的需求量比较大，除了常见的番茄“脐腐病”以外，近年来裂果的发病率也日趋严重，大棚蔬菜容易出现裂果、软腐等生理病害而影响到产品的质量。为此在蔬菜生长的中后期适当施用中微量元素肥料是可行的。养分主要选钙、硼、镁、锌等。根据缺素程度的差异分别采用根外追肥或土施的不同方式，肥料品种可选单一型或复合型，但不要选十全大补型的，那样的肥料针对性差，效果并不明显。肥料剂型可液体或固体。