细菌病害存活在植物的各个地方，那么我们怎样分辨出来呢？
病原细菌一旦侵入植物，就生活在细胞间隙，依靠分泌的一些酶破坏细胞壁，使得细胞内的物质外渗。一方面降低细胞的膨胀压力，另一方面使细胞间隙充水而变得透明。因此，细菌病害引起的的病斑有一个明显的持点就是病斑边缘水渍状或油浸状，半透明。空气潮湿时病斑上有菌脓溢出（亮黄色小珠子）并主要造成腐烂、萎蔫症状。另外还有一些细菌生活在植物的维管束内，或引起维管束坏死或阻塞水和营养物质的运输，使地上部分萎蔫。少数细菌也能引起肿瘤，如果树根癌病。真菌和细菌都可以造成腐烂，细菌造成的腐烂往往出水多，烂成一滩泥并散发出臭味，而真菌造成的腐烂有的较干，有的湿润，上面常常长出各种颜色的霉层或小黑点、小黑粒，散发出的气味也不太难闻，有衣物发霉的味道或发酵的香味。
一、斑点型和叶枯型细菌性病害的发病部位，先出现局部坏死的水渍状半透明病斑，在潮湿时，从叶片的气孔、水孔、皮孔及伤口上有大量的细菌溢出黏状物———细菌脓。 如水稻白叶枯病、细菌性条斑病等的确诊，就据此判断。
二、青枯型和叶枯型细菌病害的确诊依据，用刀切断病茎，观察茎部断面维管束有否变化，并用手挤压，即在导管上流出乳白色黏稠液———细菌脓。观察细菌脓的有无，可与真菌引起的枯萎病相区别。鉴别茄子青枯病和枯萎病，就可用此法区别。
三、腐烂型细菌病害的共同特点是，病部软腐、黏滑，纤维，并有硫化氢的臭气。而真菌引起的腐烂则有纤维残体，无臭气。如鉴别白菜软腐病和菌核病，常用此法。
四、经病状观察及田间分布，初步诊断为细菌性病害后，要进一步确诊的，还需进行室内鉴定。在田间选取标准病害样本，在室内经过漂洗，洗去泥土和脏物，而后剪取病害典型部分，用蒸馏水（或冷开水）冲刷几次后，将标本做成切片或挤压出病汁液放在载玻片上，盖上玻片，进行显微镜镜检，根据形态诊断、鉴定。
细菌与真菌的区别：主要在于真菌感染的植物，一般症状有霉状物、粉状物、锈状物、丝状物及黑色小粒点，而细菌则无这些，细菌病害症状主要表现为“菌脓”。这是田间诊断的重要区别。虽然由细菌引起的病害种类、受害植物种类及危害程度，仅次于真菌性病害，但是细菌病害的发病程度，近年来却有上升加重的趋势。
由于细菌没有主动侵染植物的能力，传播、侵染都与水关系密切，所以田间可以看到病害随流水或雨滴飞溅传播的分布格局；淹水和暴风雨往往会造成细菌病害的大流行。