在蔬菜中施用有机肥虽然会让蔬菜不缺营养，但是却造成了许多问题的发生。为了蔬菜生产的可持续发展，有必要对新形势下有机肥施用的问题。
当前菜地有机肥施用中所存在的问题其一，施用的数量大，养分投入过量，尤其氮、磷投入过量，致使局部地区已出现环境问题。例如，由于粪尿类、食品加工残渣类有机肥都有含盐量较高的特点，所以有机肥过量施用可能会导致土壤盐分累积。
其二，有机肥种类单一，多为鸡粪猪粪等畜禽粪尿类。以鸡粪为例，含氮、磷养分较多，而碳氮比很低，这对土壤结构的调节功能是不足的。
其三，施用的性。例如，垃圾类有机肥中常含有重金属及放射性物质等污染物；动物粪尿类有机肥，由于饲料添加剂的残留也会有一定含量的重金属，如锌、铜、砷等；此外，秸秆类有机肥中往往还含某些病原微生物，如有害病菌和虫卵等。从市场调查中还发现，有的商贩为了使有机肥体积膨大，在粪尿肥中加入碱，这些碱性过强的有机肥会影响蔬菜生长等。一旦将这些问题有机肥施用到菜地，可能导致蔬菜产品中有害成分超标，构成对食品及环境的威胁。
1.施用的性。例如，垃圾类有机肥中常含有重金属及放射性物质等污染物；动物粪尿类有机肥，由于饲料添加剂的残留也会有一定含量的重金属，如锌、铜、砷等；此外，秸秆类有机肥中往往还含某些病原微生物，如有害病菌和虫卵等。从市场调查中还发现，有的商贩为了使有机肥体积膨大，在粪尿肥中加入碱，这些碱性过强的有机肥会影响蔬菜生长等。一旦将这些问题有机肥施用到菜地，可能导致蔬菜产品中有害成分超标，构成对食品及环境的威胁。
2.有机肥种类单一，多为鸡粪猪粪等畜禽粪尿类；以鸡粪为例，含氮磷养分较多，而 C/N比很低，这对土壤结构的调节功能是不足的。
3.施用的数量大，养分投入过量，尤其氮肥、磷肥投入过量，致使局部地区已出现环境问题。例如，由于粪尿类、食品加工残渣类有机肥都有含盐量较高的特点，所以有机肥过量施用可能会导致土壤盐分累积。已有报道表明，温室大棚生产中，每年至少每公顷施用有机肥75～150吨，相当于向每公顷土壤投入了净盐510～610公斤，长年不断施用，土壤含盐量就会逐年增加。