温室番茄在栽培过程中会发生徒长苗、僵苗现象，这些是由多种原因造成的，可能是光照不足，温度过高水分过大。出现秧苗徒长或僵苗后危害较多。
防止秧苗徒长的措施，主要是增强光照和降低温度，并适当控制水分。当秧苗生长密集时要及时分苗，育苗后期可扩大株行距，防止过分遮阴。阴冷天气要适当掀开覆盖物使秧苗见光，当外界温度适宜时，要全部去掉覆盖物，使秧苗充分接受光照。对温度条件，要严格按秧苗各个阶段所需要的温度进行管理，及时通风降温。
秧苗的生长发育受到抑制时，常出现僵苗。僵苗的特征是：苗矮小，茎直，叶小，不易发育新根，花芽分化不正常容易落花落果，定植后缓苗慢。在冷床中育苗常出现秧苗僵化现象，主要原因是苗龄过长，秧苗长期处于低温、干旱条件。
防止秧苗僵化的措施：首先要改控苗为促苗，给秧苗以适宜的温度和水分条件，促进秧苗迅速生长。实践证明，利用工厂化育苗，电热温床育苗等控制措施育苗，很少有秧苗僵化现象发生。其次是利用冷床育苗时，尽量提高苗床的气温和低温并适当浇水，不要过分控肥控水；对于已有僵化现象发生的秧苗，可以采取提高床温、适当浇水等措施。
徒长苗花芽分化晚，落花多，成活率低，会大幅度减产，而又不能实现早熟。所以我们要及时的采取防止措施。
（1）筋腐果：又叫条斑病或条腐病，是温室番茄经常发生、危害比较严重的一种生理性病害。其症状有两种类型：
一是褐色筋腐，果面出现局部褐变，甚至出现坏死斑，果面凹凸不平，果肉僵硬，发病处着色不良，有明显绿色或淡绿色斑，切开果肉可见维管束褐变坏死。
二是白型筋腐果，多发生在果实皮部组织上，病部具有蜡样光泽，质硬，果肉似“糠心状”，病部着色不良。
筋腐果发生的原因是因多种不良环境条件综合作用所致。低温、高温、弱光或高夜温、缺钾、氮肥过足或病毒感染等因素，都能诱发筋腐果病。其中，缺钾时发病明显加重。
防治筋腐果应采取综合措施：一是选用不易发病的品种；二是合理密植，适当疏除过密叶，改善光照条件，要特别注意定植时花序定向栽植，使果穗处于操作行一方，能有较良好的光照条件；三是适量施用氮肥，特别要防止一次追施性氮肥过多，要增施钾肥和有机肥料，并要严防一次性浇水量过大，造成土壤过湿；四是注意喷施“天达—2116”（或康凯、或芸苔素内酯），提高植株的吸肥力和适应能力，注意防治蚜虫和病毒病。一旦发生筋腐果，要立即疏除过密叶片，提高夜温，喷洒0.5%的磷酸二氢钾、或0.3%的硫酸钾，并结合灌水冲施硫酸钾，每667米215—20千克。
（2）空洞果：空洞果是温室番茄，特别是越冬茬番茄栽培中比较普遍发生的一种生理性病害。其症状是外观果实有棱，横断面成多角形，切开后可见明显的空腔。空洞果发生的原因：一是夜间室内温度过低，果实受精不良，果实内部发育不完全，形成空腔；二是氮肥用量过多；三是缺少二氧化碳或光照条件差，光合产物不足；四是用激素药液蘸花时，配制浓度过大，或蘸花时花蕾幼小，发育不够健全，部分形成空洞果。
防治方法：要采取综合措施，一要适当低温炼苗，培育花芽分化良好的壮苗，实行带花序的大苗定植，提高夜间温度，以利于受精和幼果发育。
二要适当稀植，张挂反光幕，改善室内光照条件，并增施二氧化碳气肥，促进光合作用，增加养分积累。
三要合理调整温度，严防夜间温度过低与过高，造成受精不良和有机营养消耗过多。
四要合理施肥与追肥、浇水，增施有机肥料，适量施用氮肥，严防氮素过剩、前期水分过足和结果盛期水分不足。
五是蘸花激素药液的浓度应适宜，不可过高，蘸花时花应开展，不可处理过早。
（3）畸形果：温室栽培经常发生的畸形果有大脐果、尖顶果、多心皮果等。
畸形果发生的直接原因：花芽分化和发育时水分和养分供应过于充足，超过了正常需要量，又遇到连续6℃左右的低夜温、或低于20℃的昼温，易诱发多心皮畸形果；蘸花药液浓度过高、用量过多，易诱发大脐果和尖嘴（顶）果；此外低温寡照条件下分化发育的花芽也易产生畸形果。在防治上应注意苗期夜温维持在10℃以上，至少不要有连续8℃左右的低夜温，要避免苗期肥水过足，特别是氮肥施用量过多，并要注意蘸花药液浓度和用量要适宜。
（4）卷叶病：卷叶病分生理性卷叶病和病毒性卷叶病。生理性卷叶病发生原因：一是整枝、摘心过重，植株留有叶片过少，有些品种会造成叶片上卷。二是土壤缺铁、钙等微量元素，叶片表现上卷，同时变紫、变黄。三是土壤严重缺水、干旱时，下部叶片卷曲。四是氮肥施用量过多，复叶上的小叶成翻转的船底形，或小叶片卷曲。五是喷药不当或蘸花用药浓度过大，或用量过多，发生药害，引起卷叶或形成类似病毒病症状的蕨叶。
病毒性卷叶病：番茄感染病毒后，从下部叶片开始卷曲，比生理性的卷叶多，卷叶重，叶片变脆下垂，叶脉呈紫色，叶面呈灰色，植株变黄，果实发育不正常，提早成熟，须根变色腐烂，引起严重减产。
防治卷叶病应注意：一是应选择地势高燥，排水良好的地块建温室，浇水量不宜过多，整枝打杈不能一次性太重，注意多施有机肥料，增施磷、钾、钙等肥料和铁素微肥。二是喷花和蘸花时用药浓度和用量应适宜，不可随意提高浓度和用量过多，造成药害发生。三是注意防治蚜虫为害和病毒侵染
一、越冬茬番茄整枝换头增产法：温室越冬茬番茄因易遭遇雨雪天气、温室内温度低的情况，而对番茄的产量产生一定的影响。为了提高产量，温室越冬茬番茄可以在5-6穗花将开时摘心，并把番茄上的侧枝全部掐干净（进行此操作时应注意防止灰霉病的传播）。摘心后选留第二穗果上第二、第三片叶腋里的侧枝为结果培养枝。一般每株留2个侧枝，待主蔓番茄、第二穗果收获后，侧枝进入开花结果期，要进行一次放秧整枝处理，使植株分布趋于合理。
此种整枝换头法有利于植株避开全年寒冷的时期，减少养分消耗，还能促进主蔓番茄果实生长。侧枝留五六穗果打顶，可以使番茄单株总结果数量、产量及效益都有所增加。进行换头栽培的番茄留双侧枝，等于变相增加了番茄植株数量，叶片密度加大。翌年春季，应加强叶霉病及斑枯病等叶部病害的预防工作。
二、番茄只长叶不结果：这种情况属于营养生长过旺、植株生长不协调所致。预防措施，一是改进肥料用法。应注意从底肥开始，氮肥比例不要太高，用量不要太大，若底肥中粪肥较多，可不再施用其他氮肥。定植后，若苗子长势较旺，要暂停追肥，相应提高钾肥的供给；二是注意夜温控制。发现旺长苗头后，应注意控制棚温尤其是夜温不能太高，拉大昼夜温差，并控水控肥，待二穗果坐稳后再加强肥水管理；三是激素控旺。植株出现旺长时，可叶面喷用矮壮素1500倍混爱多收2000倍等。
三、疏花疏果让番茄果个长均匀：生产中，经常会看到番茄植株上每穗有5个以上的果实，但是大小不一。特别是穗果，大的已经长到拳头大小，小的才跟花生差不多。对这样的情况，要想果实均匀，就必须舍去的果实。因为的果实距离植株主蔓近，优先吸收养分，抑制其他果实对养分的吸收。这样一来，的果实长得更大，较小的果实却生长缓慢，为避免整穗果实大小不均，不如将其舍去。
番茄也要注意适当留果。如果朵花已经坐上果了，要将其摘除。因为植株生长初期养分充足，生长旺盛，朵花开花早，再加上菜农急于点花，想要见到辛勤劳动的成果，一般坐果率极高，生长较快。穗果上的其他花开得较晚，往往个果已经开始膨大了，其余的才开始点花，这样个果势必会抑制其他果实的生长。所以在结果初期，就应将个果实摘掉，其余的果实大小均匀一致，以便获得更高的收益。