金针菇基腐病的危害非常的严重，因其菌柄细长，似金针菜，故称金针菇，属伞菌目白蘑科金针菇属，是一种菌藻地衣类。金针菇具有很高的药用食疗作用。基腐病又是金针菇的主要病害，我们必须想办法防治。
1、子实体生长阶段节制适宜的含水量，经常消除床面积水，特别是在子实休生长阶段消除积水特别重要。
2、发现病菇后应及时消除，此后喷1∶500倍25%多菌灵或65%的代森锌，可收到一定的防治效果。
症状
子实体生长发育阶段，菌柄基部变黑褐色至黑色糜烂，基部糜烂后，子实体倒伏。幼菇丛发病虽不倒伏，但不能延续向上生长发育，严重发生时，针状的幼菇成丛变黑糜烂。
病原
瓶梗青霉，属半知菌亚门、丝孢纲、丛梗抱目、丛梗抱科，该病原如在马铃薯蔗糖培养基上，菌丝白色、粉状。培养基呈深红褐色，菌落呈粉红色。抱子梗从气生菌丝上长出，呈对称分叉。与青霉素的分枝类似，但小枝梗顶端着生的分生孢子可形成长链，链长达400-600微米，分生孢子椭圆形、单细胞、无色。
发生
各地均有发生，以室内床栽较多。多发生于棉籽壳生料栽培的菇床上，生长阶段培养料含水量过高，床面长时间有积水，加之长时间覆盖薄膜，通风不良，湿渡过大，有利发生。
（1）在配制培养料时，严格控制含水量，在子实体生长阶段，避免菇床上长时间积水。
（2）搞好菇房环境卫生，适时通风透气，控制空气相对湿度不超过95%。
（3）化学防治发现有病菇，及时，后喷洒1：500倍的25%多菌灵或1：800倍的70%甲基硫菌灵，或1：500倍的65%代森锌。常用药剂：多菌灵、甲基硫菌灵、代森锌。