暴发原因
1．品种抗性差是棉花黄萎病易暴发的主因。选用抗病品种是预防枯萎病和黄萎病的有效手段。但由于黄萎病抗性育种进展不大，目前建湖县使用的棉花品种大多对枯萎病抗性强，而对黄萎病抗性差，甚至高感黄蒌病。
2．连作是棉花黄萎病新发的重要病因。近几年的调查发现，连作区黄萎病发生重，且伴有严重的死苗现象。
3．气候因素是导致棉花黄萎病暴发的诱因。棉花黄萎病的发生与温湿度有很大关系。在棉花生育期间，气温在20-28℃黄萎病都能发生，适温度为 25-28℃。棉花花蕾期降雨较多、温度适宜有利于发病。日平均气温维持在25℃左右，很适合棉花黄萎病发生。另外，棉花不耐淹，田间积水影响其根系生长，更容易受到枯黄萎病危害。
防治措施
1．选用抗病良种。建立无病良种繁育基地，实行产地检疫。选用抗耐病品种，如中棉所45、SGK321、鲁棉研18号等。
2．轮作换茬。这是目前防治黄萎病有效的措施。禾本科的小麦、大麦、玉米、水稻等都不受黄萎病菌危害，病重田可将棉花与这些作物轮作。近几年水旱轮作实践证明，与水稻实行2—3年的轮作，可以在很大程度上迅速减少田间菌量，有效减轻黄萎病发生。
3．深翻土壤。棉花黄萎病菌主要分布在0—20厘米耕作层中，深翻可以减少耕作层菌量、降低发病株率。
4．病残体，使用无病净肥。及时棉田中的残枝落叶，就地或在田外集中烧毁。棉籽饼和棉籽壳也能携带大量病菌，不能直接作为肥料施入棉田。氮肥有抑制黄萎病菌生长的作用，钾肥有助于减轻病害。
5．灌排配套、推迟播期、短期揭膜。平整好棉田，健全排水系统，改大水漫灌为细流沟灌，雨后及时排水。抗虫棉大多是中早熟品种，播种期不宜过早。播种早节位低，现蕾开花早；播种晚出苗快，苗壮，抗病能力强。地膜棉应在盛蕾至初花期揭膜，以提高棉花的抗逆性和抗病性。同时，通过中耕培土，实现旱可浇、捞可排。
6．药剂防治。播种期间用药对种子和土壤进行消毒。发病初期及时用3％噁霉·甲霜水剂30-40毫升加水50-60公斤灌根，或用3％噁霉·甲霜水剂300-500倍液喷雾，10天一次，连续防治3-4次。
农业措施：
1、选用抗性和耐性较好的品种，根据观察发现，生长势旺的、坐桃不集中的对黄萎病抗性较好。
2、实行轮作倒茬，可采用棉花―小麦―大豆或棉花―小麦―玉米轮作。
3、平衡施肥，增施有机肥，增加钾肥，可提高棉花植株生长势，增强抗病能力。
4、清洁棉田，把带病棉秆、枯枝落叶，集中烧毁，不能用以沤肥，以防粪肥传病。
化学防治：
1、对非包衣种子应用硫酸脱绒和药剂消毒处理。①硫酸脱绒：将1kg粗硫酸加热到110～120℃，倒入装有 10kg 棉籽的陶瓷缸或瓦盆内，边倒边用木棍搅拌约10min，至棉籽外的短绒脱净，变黑发亮，随即将棉籽移入清水中冲洗到水色不显黄，水味不显酸，再将棉籽捞出晾干播种。②多菌灵浸种：用多菌灵胶悬剂0.3%～0.4%溶液，在常温下浸棉种12～14/h，能消灭种子内外的病菌，还能减轻苗期病害。
2、棉田发现病株应立即拔除，连同地面的病枝、落叶一并，携出田外烧毁。拔除病株后，对病土进行药剂处理。可用多菌灵等处理土壤。
3、发病初期，可采用灌根+叶面喷肥的办法，对轻病株及早用70%甲基硫菌灵500～1500倍液，或用多菌灵1000倍液灌根，可获70%的防治效果，对促进病株恢复健壮，均有明显作用。叶面喷洒0.3%磷酸二氢钾或1%～1.5%尿素溶液，可增强植株抗逆性，减轻危害。