双孢菇属草腐菌，中低温性菇类，我国稻草、麦草丰富，气候比较适合双孢菇的生长，具有很大发展潜力。双孢菇出菇期对菇的一生影响很大，在双孢菇的整个生育期中占有重要的地位。由于温度、湿度、通风、培养基、覆盖物等原因，易使双孢菇产生生理病害，导致幼菇菇体畸形，甚至死亡，品质下降，产量降低，造成不可挽回的损失。找出生理病害的成因，采取预防措施十分必要。
【畸形菇】
主要原因有：
①覆土过厚、过干，土粒过大，对菇体产生机械压迫。
②通风不良，室内二氧化碳浓度过大，出现柄长易开伞的畸形菇。
③冬季室内燃煤加热，因二氧化碳浓度超量产生的瘤状突起。
④药害导致的畸形。
⑤水分与温度不协调而引发菌柄开裂，裂片卷起。
⑥料内。覆土层含水量不足或空气湿度偏低，出现平顶、凹心或鳞片。
【薄皮菇】
症状为菌盖薄，开伞早，质量差。主要原因有：
①培养料过薄、过干等。
②覆土过薄，含水量不足。
③出菇期遇到高温、低湿、通风不良。
④出菇密度大，温度高，湿度大，子实体生长快，成熟早。
【死菇】
主要原因有：
①出菇密度大，营养供应不足。
②高温高湿，室内二氧化硫浓度过高，幼菇缺氧死亡。
③机械损伤，在采菇时，周围小菇受到碰撞。
④培养基过干，覆土含水量过小。
⑤幼菇期或低温季节喷水量过多，导致菇体水肿黄化，溃烂死亡。
⑥用药不当，产生药害。
⑦秋菇遇寒流侵袭或春菇棚温上升缓慢，造成温差过大，导致死亡。
⑧秋末温度过高（超过25℃），春菇气温回升过快，连续几天温度超过20℃，适合菌丝体生长，菌丝体逐渐，恢复活性，吸收大量养分。易导致已形成的菇蕾产生养分倒流，使小菇因养分不足而成片死亡。
⑨病原微生物侵染和虫害，螨、跳虫、菇蚊等泛滥。
【地雷菇】
结菇部位深，甚至在覆土层以下，往往在长大以后才被发现。主要原因有：
①培养基过湿、过厚或培养基内混有泥土。
②覆土后温度过低，菌丝未长出土层便开始扭结。
③水分过大，产生“漏料”，土层与料层产生无菌丝的“夹层”，只能在夹层内结菇。
④通风过多，土层过干。
【红根菇】
菌盖颜色正常，菇脚呈红色或发绿色。主要原因有：
①用水过量，通风不足。
②肥害和药害.
③培养料偏酸。
④采收前喷水。
⑤运输中受潮、积压。
【水锈病】
表现为子实体上有锈色斑点，甚至斑点连片。主要是因为床面喷水后没有及时通风，出菇环境温度过高或过低。子实体上水滴滞留时间过长所致。
【空心菇】
症状为菇柄切削后有中空或白心现象。主要原因是气温超过20℃时，子实体生长过快，出菇密度大，空气湿度在90%以下，覆土偏干，菇盖表面水分蒸发量大造成的。
【磷片菇】
气温偏低，菇房湿度小，空气干燥，因喷水等原因室内湿度突然升高，菌盖便容易产生磷片。有时磷片是一些品种的固有特征。
【玟冠病】
菇体表面产生多孔状粉红色菌褶组织，呈小疣状或蜂巢状，病菇粉红色或玫瑰色。通常是由烃类、酚类化合物等污染的覆土、水或空气造成的。
双孢菇的菌丝体和子实体均不需要光，但在一般散射光的条件下还是可以生长的，但不能强光照射。子实体在阴暗的环境下长得洁白、肥大，若光线太强，长出的子实体表面硬化，畸形菇多，商品价值差。
一、湿度大，通风不良时，可发生病虫害或造成冒菌丝。针对这个问题，出菇前必须加强通风管理，使空气相对湿度保持在85%--90%之间。
二、覆土后，用水过多，菌丝弱或萎缩，原基形成减少。子实体出现“红根菇”、“锈斑菇”；喷水过多、过急时，水滴容易流入料内，造成通风不良，使菌丝萎缩死亡，料变黑；用水不足，子实体瘦小易开伞，或出现“平顶菇”、“凹顶菇”，都会影响产量和质量。针对以上情况，在出菇前覆土后必须加强用水管理。覆土后15天左右，要及时喷一次重水，称为“结菇水”，喷“结菇水”期间和喷水以后，菇房必须进行大通风，促进细土层的线状菌丝变粗而形成菇蕾。而后停水2-3天，再恢复正常的保持水，即蒸发多少喷多少。
三、菌丝徒长（俗称冒菌丝）。当绒毛状菌丝向细土生长时，遇上室温高，空气湿度大，通气不良时，菌丝会直立向上生长，且生长速度很快，使细土表层长满菌丝，这叫冒菌丝。出现冒菌丝时先要加强通风换气，降低室温，并在细土层上覆盖一层干细土，以抑制菌丝徒长。菌丝徒长后也可采用搔菌的办法，即用几根带钩的粗铁丝，在有冒菌丝的细土表层轻轻来回耙菌，破坏菌丝结构，并配合降温降湿通风的方法，几天后便会长出菇来。
四、结菌块现象。培养料腐熟过度，湿度过大，室温过高时，在料表层出现一簇一簇的短而浓密的絮状菌丝，然后连接成块，这种菌块不会出菇。用结菌块的菌种播种后，易出现结块现象。菌丝结块后，将菌块挖掉，加强喷水及通风管理，仍可在土层内形成子实体。