代料栽培黑木耳害虫的危害较少，在菌种生产和栽培室常见到的害虫有跳虫和线虫，具体的防治方法小编来教你。
跳虫：
跳虫是一种弹尾目的昆虫，看起来好象烟灰一样，又叫烟灰虫。危害食用菌的主要是紫跳虫，跳虫体长2~3毫米，全身紫黑色。主要危害子实体。如栽培养室发生跳虫，可喷0.1%的鱼藤精或除虫菊脂（1:500~2000）。
线虫：
线虫是一种无色的小蠕虫，体形很小，仅1毫米左右，需在显微镜下观察。线虫危害木耳菌丝，使培养料产生一种暗色潮湿没有木耳菌丝的病区，常产生刺激性的气味。用甲基臭熏蒸可以杀死线虫，浓度为每小时600毫克/升。
如果栽培场所已经发生了害虫，可试用有效地低毒低浓度的药剂进行防治，做到“治早、治小、治了”，把害情控制在小的范围之内。现在已经被应用于防治黑木耳害虫的农药有：敌敌畏、敌百虫、滴滴涕、乐果、鱼藤精、鱼藤粉、三氯杀螨砜、退菌特、马拉硫磷（4049）、六六六粉、漂白粉、生石灰及茶籽饼等。这些的杀虫效果都很好。在配制和施用时，要按照该药的使用说明进行，不可随意加大浓度，否则，不仅影响黑木耳生长发育，还会留下残毒。施药是在采耳之后进行，避免黑木耳直接承受药液，减少药害。
耳袋上的害虫较多时，应设法驱防，减少危害。把耳木放进清水里浸泡几个小时，能够浸除耳木上的害虫。
一、病害有各种霉菌和流耳病
1.在生产过程中要全部使用洁净水；拌料时适当提高pH值，可加2至3的生石灰。
2.接种前要对接种箱或室、接种袋、菌种、接种工具、封口棉塞、消毒药品等，每立方米用甲醛10毫升和高锰酸钾5克或用保菇王每立方米3至4克熏蒸消毒。
3.培养料装袋后要及时，常压100摄氏度开始计算，要维持8至12小时，以。
4.经常检查，发现感染的菌种和栽培袋及时剔除，同时要及时通风干燥。
5.菌袋出耳期间发生小面积霉菌，可划开有杂霉部位的塑料袋在杂菌部位撒上菌绝杀粉或多菌灵溶液喷洒消毒。
6.及时清理残耳，并在其场地喷打0.2多菌灵或漂白粉溶液。
7.对于流耳病，除搞好预防之外，可用每毫升25单位浓度的金霉素（或土霉素）溶液，或者500倍液的代森锌（或退菌特）溶液喷雾。
二、虫类有：蚊类、蝇类、蛞蝓、跳虫等
1.搞好环境卫生，消灭越冬虫源。及时处理废料和污染袋，消除棚室内及四周的垃圾及其他易腐败物质，地面撒一层石灰。
2.防止蚊、蝇等成虫入内，发菌室装纱窗纱门，成虫高峰期每隔3至5天在窗门纱上用80的敌敌畏500倍液或用50可湿性敌百虫1斤，加水500公斤喷洒。
3.诱杀。（1）糖醋液（白酒0.5份、水2份、红糖3份、醋4份）放入瓷盘中，再滴入几滴敌敌畏或敌百虫，置于发菌室或栽培室内诱杀跳虫成虫。（2）用黑光灯或普通白炽灯诱捕成虫灯下置一般废耳或肥料浸出液，加上几滴敌敌畏诱杀蚊、蝇。
4.蛞蝓可人工捕杀也可用砒酸钙（50比1）拌入碎青草中，于傍晚撒于栽培场所附近进行诱杀；用甲基臭熏蒸可以杀死线虫，浓度为每升600毫克。栽培室发生跳虫，可喷施除虫菊酯防治。