辣椒根腐病是辣椒常见的病害之一，各菜区均有发生，露地栽培、保护地栽培都可发病。春季多雨、梅雨期间多雨的年份发病严重。发病严重时常造成根系腐烂、植株枯死。
辣椒根腐病农业措施
因地制宜种植早熟品种。施用充分腐熟的有机肥，采用配方施肥技术，有降低发病的作用。与豆科、禾本科作物进行3~5年轮作。选用无病种子，从无病果实上采种。在定植前用10毫克/升ABT4号生根粉溶液浸泡辣椒根系，然后定植。定植后温度控制在20~30℃、地温25℃、湿度不高于90%.使幼苗茁壮成长。
采取高畦（垄）栽培。避免大水漫灌，雨后及时排水，防止田间积水。灌水和雨后及时中耕松土，增强土壤通透性，促进根部伤口愈合和根系发育。
地势低洼、排水不良、田间积水、连作及棚内滴水漏水、植株根部受伤的田块发病严重。年度间春季多雨、梅雨期间多雨的年份发病严重。
辣椒根腐病是一种土传病害，主要为害辣椒根部及维管束，多发生在辣椒定植后至采果盛期。辣椒长期连作套种，尤其与茄果类蔬菜连作发病较重。此外，土质较黏重、棚内湿度大、阴雨天、大水漫灌等，也是造成发病的主要因素。
发病症状
种子和幼苗：病原侵染萌动的种子或幼苗根茎部时，可引起种子腐烂或幼苗猝倒。病原侵染种子后，使种子发芽率下降44％～60％，或形成不正常的幼苗。
定植后植株：初期病株枝叶顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复，症状反复数日后，叶片全部萎蔫，但仍呈绿色。病株根茎部及根部皮层呈淡褐色及深褐色腐烂，易剥离露出木质部，但其他部位维管束一般不变褐，这一点与枯萎病不同。后期潮湿时可见病部长出白色至粉红色霉层。
防治方法
1.种子处理 种子先用0.2％～0.5％的碱液清洗，再用清水浸种8～12小时，捞出放入配好的1％次氯酸钠溶液中浸泡5～10分钟，洗净后催芽播种。或播种前用温汤浸种15分钟，水温55℃～60℃，后用10％磷酸三钠液浸30分钟，再用5％丙烯酸·恶霉·甲霜水剂浸种10分钟，洗净后播种。
2.农业防治 收获后要及时田间病残株，并烧毁或深埋。与甘蓝、大白菜、大蒜、大葱等蔬菜实行5年以上轮作。高垄栽培，并用塑料薄膜覆盖。生长期严禁雨水进入棚内，浇水要选择晴天上午进行，不要大水漫灌，有条件的可进行滴灌，保持土壤半干半湿状态。棚室栽培要适时通风换气，降低棚内湿度，苗期适当控制氮肥，开花结果期注意追施磷钾肥，并注意叶面补肥。
3.化学防治 播种前，用甲基硫菌灵或多菌灵可湿性粉剂8～10克∕立方米处理苗床；播种后，用药土下铺上盖，或用5％丙烯酸·恶霉·甲霜水剂1～2毫升∕立方米稀释至1000～1500倍喷洒苗床，防止幼苗带菌。定植时用95％噁霉灵可湿性粉剂300倍液，或25.9％锌·柠·络氨铜水剂500倍液浸根10～15分钟。定植后结合浇水每亩施入硫酸铜1.5～2千克，减轻发病。定植缓苗后浇灌次药，每株250毫升，每天一次，连续浇灌2次。定植后发现病株，可选用50％多菌灵可湿性粉剂600倍液，或50％甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液、50％琥胶肥酸铜可湿性粉剂400倍液、47％春雷·氧氯铜可湿性粉剂600～800倍液、20％二氯异氰尿酸悬浮剂300～400倍液等进行喷淋或灌根，每穴用药液量300～400毫升，7～10天一次。由于是根腐病土传病害，一定要提前浇灌药液预防病害的发生。如发病后再施药，效果甚微。
1.1因地制宜种植早熟品种。施用充分腐熟的有机肥，采用配方施肥技术，有降低发病的作用。与豆科、禾本科作物进行3～5年轮作。
1.2选用无病种子，从无病果实上采种。在定植前用如金种植专用（原液）浸泡辣椒根系，然后定植，可以使得辣椒根系强壮，辣椒植株浓密茂盛。
1.3定植后温度控制在20～30℃、地温25℃、湿度不高于90％。使幼苗茁壮成长。
1.4采取高畦（垄）栽培。避免大水漫灌，雨后及时排水，防止田间积水。灌水和雨后及时中耕松土，增强土壤通透性，促进根部伤口愈合和根系发育。