食用菌又是一类有机、营养、保健的绿色食品。发展食用菌产业符合人们消费增长和农业可持续发展的需要，是农民快速致富的有效途径。食用菌的早配过程中，防治病虫害是非常关键。
利用害虫的习性进行防冶
1、对菌蚊进行人工捕捉。
2、将发生瘿蚊的菌袋放在阳光下暴晒1-2小时或撒上石灰粉。
水浸法防治
瓶栽和袋栽的可将水注入瓶、袋内，块栽的可将栽培块浸入水中压上重物，浸泡2-3小时。浸泡后的瓶、袋沥干水后放回原处。
诱杀
1、对蚊虫蛾用黑光灯或节能灯诱杀。方法是在灯下的盆内放入0.1%的敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死。
2、对黏虫可在强光灯处放置涂抹了40%聚丙乙烯的粘虫板。
曲霉的防治
1、及时废料。
2、瓶装料时不能与瓶接相接。装瓶完毕后洗净瓶口除去杂物，保持棉塞清洁。
3、施用5毫克/升的多菌灵，但必须在蘑菇采收完后施用。
绿霉的防治
1、降低菇房的温度和湿度，加大通风量，用草木灰覆压有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飞扬。
2、取生石灰9份，多菌灵一份，水适量拌匀，灌刷霉菌处。
3、生料栽培时，每100公斤干料中添加克霉灵100克，可防止霉菌滋生。
4、在霉菌处撒上高锰酸钾颗粒后在其外围喷水。
5、用5%的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排除石灰水，补上新料。
6、在霉菌处涂刷95%的酒精或火油，点火将其烧掉，然后挖除，填补新料。
对细菌的防治
1、培养基要，时温度、压力、时间要达到要求。
2、培养基做好后，在30℃的培养箱内放置一天后再用，以确保无细菌感染。
3、培养基内可加入，一般以每毫升100-200单位为宜。
随着人们生活习惯改变，国内市场潜力很大，加之中国又是食用菌出口大国。中国每人每年吃2斤食用菌，就可以增加销售收入80多个亿，由此可看菇类市场将是一个很大的市场。
在栽培中，由于不当的栽培管理技术和适宜的环境条件或遗传变异等原因，使食用菌的生长发育产生生理性障碍，致使产生异常，甚至死亡，这种现象都列入生理病害。
1、菌丝徒长
此现象在香菇、平菇栽培中均有发生。徒长的菌丝，在覆土表面或培养料面生长过旺，形成一层致密的不透水的菌被，造成出菇延迟或出菇稀少，大量减产。
（1）发生原因
①管理原因 平菇栽培中，不注意通风，覆盖的塑料薄膜未掀开通风换气，二氧化碳积累太多；香菇培养料表面湿度过大；平菇培养料干燥等，这些不良的环境条件都适于菌丝的生长，不利于形成子实体，从而造成徒长。
②菌种原因 母种分离时，气生菌丝挑得过多，常使原种和栽培种产生结块现象，而出现菌丝徒长。
（2）防治方法
在菌丝生长后期，应注意菇房的通风换气，经常掀动塑料薄膜以增加透气，适当降低二氧化碳浓度；培养料调配湿度应适当，防止过干或过湿；适当降低菇房内的温度，总之，在栽培中，应加强科学正确的管理，避免菌丝徒长发生的环境条件，促进子实体的形成。
如果菌丝已经徒长，培养料表面出现菌束网或菌被，可用刀划破菌被或菌束网，喷一次重水，并进行大通风，降低温度，制造温差刺激，即可促进子实体的形成。
2、畸形菇
食用菌在栽培中，常出现子实体形状不规则的现象，称为畸形菇，如平菇、香菇等。
（1）发生原因
造成畸形菇的原因很多，如机械损伤；菇房内的空气不流通，二氧化碳浓度过高；菇床里的光照不足；温度偏高；病毒为害；因病用药不当，发生药害；或理化诱变剂的作用，以及遗传变异等原因，均可造成畸形菇的发生。
（2）防治方法
防治畸形菇发生的措施主要是对症，如加强菇房通风，给予适当的光照温度条件，合理使用农药，恰当使用诱变剂，选用优良的品种等。
食用菌栽培过程中主要病害有黄枯病，绿霉，链孢霉，黄曲霉，毛霉等等感染。主要虫害有菇蚊，菇蝇，螨类等等害虫。
防治方法主要是严格培养料消毒处理。使用优质菌种。做好环境治理。防治高温，高湿。