南瓜有很多的功效，所以要想吃到营养价值高的南瓜，必须要在南瓜施肥料的时候的把好关，才是重要的。
南瓜生长时期不同，对养分的吸收量也不同。幼苗期南瓜生长量很小，需肥量也较少，进入果实膨大期对氮的吸收量急剧增加，钾与氮的吸收规律基本一致。而磷的吸收量增加较少。据日本宫崎农业试验研究，南瓜从定植到拉秧的137天中，前1/3的时间对氮、磷、钾、钙、镁的吸收量增加缓慢，中间1/3的时间增长迅速，在1/3时间内增长为显著。南瓜整个生育期对养分的吸收量以钾和氮多，其次为钙，镁和磷的吸收量少。每667平方米生产4308公斤的南瓜，需吸收氮20.5公斤，五氧化二磷6.9公斤，氧化钾25.1公斤。具体施肥要求如下。
一、基肥。以有机化肥为主，配合氮、磷、钾复合肥。常用的基肥有厩肥、堆肥或绿肥等，用量较大，一般占总施肥量的1/3-1/2，每667平方米施有机肥 3000-4000公斤。磷、钾肥全部或大部分作为基肥，并与有机肥混合一起施入土层中，在有机肥不足的情况下，每667平方米补施氮、磷、钾复合肥 15-20公斤。基肥有撒施和集中施用两种方法。撒施时一般是结合深耕进行，均匀撒施有机肥或复合肥以后，用螺滑犁反复耙2次，使肥料与土壤均匀混合。在肥料较少时，一般采用开沟集中条施，将肥料施在播种行内。
二、追肥。追肥以性氮肥为主，配合施用磷肥和钾肥。追肥量一般占总施肥量的1/2-2/3。追肥时要根据南瓜不同生育期所需氮、磷、钾量的不同而分批进行。苗期追肥以氮肥为主，目的是促进秧苗发棵。一般每667平方米施尿素5-8公斤。结果期不仅需供应充足的氮肥，同时要求磷、钾肥的及时补充，以保证果实膨大。一般在坐果以后，每667平方米施尿素10-15公斤，硫酸钾5-10公斤，共追施1-2次。在追肥时应注意位置，苗期追肥应靠近植株基部施用，进入结果期，追肥位置应逐渐向畦的两侧移动，一般进行条施。在石灰性土壤上，氮肥应遵守深施覆土的施肥原则，特别是碳酸氢铵，一定要深施约6厘米以上覆土，以免肥料挥发，降低肥效。硫酸铵、尿素等化学稳定的氮肥，可采用撒施结合灌水进行追肥。
南瓜喜有机肥料，应根据植株生长与土壤肥力状况来确定施肥量及养分组合。由此可见，南瓜的施肥也是很有讲究的。