在棉花种植过程中，在给棉花施底肥的时候，有科学的方法才是重要的，棉花施底肥的科学方法如下：
1、先洇地造墒，撒施化肥后进行春耕。这适合水资源短缺、浇水不便的地区，注意耕地后一定耙磨踏实，否则土壤松暄，对出苗不利;缺点是对土质差的土壤不利于耕后保墒;如果施肥后采用旋耕，尽量加深到13~15厘米，然后耙磨踏实。
2、冬春未整地的棉田，可将化肥均匀撒于地表，而后进行耕翻。春耕深度为18~20厘米，可将绝大部分肥料翻入土中，然后进行洇地造墒。这样肥料施得深，保存时间长，损失少。在亩灌水量60~80立方的情况下，肥料不会随水渗入地下水中造成流失。绝大多数养分仍保存在1米深的土层内，供棉根吸收利用。这种方法的优点是肥料施得深、施得匀，土壤踏实，贮墒足。但土壤灌水量较大，水资源差的地区洇地不便。
3、播棉前，先用行距15厘米的12行小麦播种机将肥料均匀播于土中。要尽量深施，再将地磨压平整，隔两三天后再播棉花。优点是全部将肥料施于土中，且较匀;缺点是施肥深度有限。
4、播种后立即在大行间深施肥。同样可视为底肥。由于肥料投入占棉田投入的比重较大，而肥效的发挥又关系到棉花产量丰欠，所以讲求施肥方法是关乎棉花节本增效的大问题。
5、播棉前，先确定行距大小、位置，插杆划线，再将肥料播在预计的小行中间，在肥行两侧播两行棉花。优点是肥料施得深，行距准确;缺点是需两次作业。
6、播种施肥同步进行。在播种机上安装施肥装置，和播种装置前后错开，在播种同时将肥料施在两行棉花中间，肥料深施，棉种浅播;由于施肥时种子尚未发芽，可视为底肥；这是当前较好的施底肥方法。
施底肥是很关键的棉花高产措施，关系到棉花产量和植棉效益，一定要施好。