要优化堆肥条件和配方，必须按照原料理化参数，因为原料对于肥料的作用是很大的，近几年频发的食品问题让公众对农产品的质量日渐关注。具体的情况如下：
植物生产、动物生产和有机肥料生产是三个同等重要的产业，因为我国人多地少，只能通过大量增加农用化学品投入水平来提高和保证农作物的单产；为提高动物产品的出栏数量和产量，大量兽药和饲料添加剂被用于保障动物生产。这从我国近年来种养业的农用投入品消费数量不断攀升即可看出，相对于2000年的投入水平，2010年我国各类农用投入品的数量增加了近2倍，为了提高产量，农业生产存在严重的农药和化肥不合理使用问题；随着我国从事农业生产者的平均年龄不断升高，除草剂等轻简化农用品越来越受农民的欢迎。这些投入品中的有害物质随着农业生产和人类消费过程不可避免地汇集到各类固体废弃物中，堆肥化技术作为世界通用的有机废物无害化处理技术也无法阻断这些物质的继续流动；堆肥原料的中污染物甚至经过堆肥处理而浓缩，比如不挥发性污染物经过堆肥处理后甚至比原料中浓度增加1-3倍，如果后续施用量不合理，这些污染物势必进入农作物体内，进而进入动物生产体系和人类的食品消费体系，终导致恶性循环。虽然我国目前针对各种农用投入品实施了工业化的产品标准管理制度，但对用量管理却缺乏有效的管理，这种行政管理的效果可想而知。相较于欧美日等国家采用投入剂量管理的模式而言，我国还有许多问题亟待解决，建立我国农用投入品的总量限制技术标准体系迫在眉睫。
从历史的角度来看，对有机肥料生产作为农业生产的基本要素这一认识，现在远远落后于我们祖先对这个问题的重视。可喜的是我们的政府和科技工作者一直在循环农业领域辛勤耕耘，但是如何在循环农业的技术框架内根本解决污染物的循环累积，这一问题将在很长一段时间内成为威胁我国食品的主要问题。解决这一问题的关键就是尽快建立投入量技术标准与管理体系，利用总量控制的方法从源头土壤污染风险，降低污染物向农产品中迁移的可能性。尤其是解决有机肥料的不同土壤背景条件下单位面积土地的投入限制总量技术标准体系，这个问题的解决将为我国今后农业生产的可持续和食品提供保障。
堆肥原料的中污染物甚至经过堆肥处理而浓缩,比如不挥发性污染物经过堆肥处理，由着可以看出，堆肥原料对于作物的生长起着很关键的作用。