由于引起水稻坐蔸的原因有很多，常常一块水稻田多种发病原因并发，因此，在防止水稻坐蔸现象需要因田制宜。首先应该对水稻坐蔸的田块进行田间调查诊断。找出发病原因，进而采取相应措施。
提前预防水稻坐蔸现象发生
培育壮秧，增强秧苗抵抗能力。适时移栽，并实行浅插。深脚田、烂泥田，要注意待土壤沉实后再栽秧，或铲秧移栽，或采用半旱式栽培。不施未腐熟的有机肥，提早翻耕绿肥，注意肥料配合，增施磷、钾肥和灰肥，补充微肥，重点是锌肥。返青后及时中耕排水露田，或实行间歇灌溉，以提高土温，促进根系发育。按说明使用除草剂，减少毒害。常年发病田应实行水旱轮作，经1～2年旱作再种水稻。
适当排水晒田有助于减少水稻坐蔸
对于深脚烂泥田，冷浸田，大肥田，要立即排水中耕（薅秧），中耕后轻晒田，以便引出渍水和冷泉水，降低地下水位，改善土壤通透性，提高土温，毒物，减轻毒害。
水稻坐蔸需要对症施药
根据坐蔸类型，及时补施性氮、磷、钾肥料，缺素田块要及时补施缺素肥料。如缺锌田要补施锌肥，亩用硫酸锌（含锌量20%以上）1～1.5公斤撒施，或0.5公斤兑水75公斤叶面喷施。有机酸过多的田块要撒施黑白灰（草木灰：石灰=1：1.5）中和毒素。在施用以上药剂的同时，可用促丰宝、或抗枯宁、或农用稀土、或复苗粉、或活力素等，加磷酸二氢钾（磷钾含量80%以上）0.5公斤兑水75公斤进行叶面追肥，以便增强秧苗的抵抗力和抗逆性。在稻苗发根开始回青后，再施用腐熟的人畜粪水，或氮、磷、钾配方肥，结合浅水勤灌或湿润灌溉，促进其回青分蘖，然后转入正常管理。待新根长出后适施尿素等肥，有助恢复生机，减轻发病。也可叶面喷施营养剂进行补救。