大豆秕粒给大豆的生长造成了很大的危害，目前还存在施肥深度浅，种肥同床、同位，肥料利用率低等现象，影响大豆产量的提高。防治大豆秕粒的措施如下：
1.选用良种 应根据不同种植制度和当地的气候条件，选用相适应的光温生态型品种，如春大豆需光钝温敏型，夏大豆需光敏温钝型，秋大豆需光温均敏型。在选用良种的同时，要合理密植，建立高光效群体，防止过密过稀，以利用土地，提高生产效益。
2.合理轮作 建立合理的耕作制度，避免重茬种植，可防止土壤养分失调。轮作的大豆地块要比大豆重茬的地块空秕率减少28.4％以上。
3.合理种植 应积极发展早熟春大豆或晚播中熟夏大豆，或者在低热地区种植秋大豆，以避开7月中旬至8月中旬的长日照和高温，使大豆顺利进入鼓粒期，防止荚而不实。
4.适时排灌 大豆花荚期需水量大，满足这一时期需要的水分是大豆高产的重要条件。因此，应在大豆播种后，及早挖好田间排水沟，做到涝能排、旱可灌、排灌自如。
5.补充养分 对于来不及施基肥的田块，在大豆出苗后，每亩追施有机肥2000公斤，初花期后用钼肥、硼肥等进行叶面喷施，每隔7～10天喷1次，连续喷 洒3～4次，不仅可防肥，也可增粒增重，减少空秕。中后期表现缺肥者可适当喷施0.1％～0.2％的磷酸二氢钾溶液补充营养，避免因缺肥而早衰。
6.喷调节剂 喷洒植物生长调节剂，可以降低株高，增粗茎秆，也可增加单株荚数、粒数和百粒重。一般在初花期每亩用15％多效唑可湿性粉剂40克对水喷施，空秕率可降低7.2％。
7.防病虫害 平时多注意观察，一旦发现蚜虫就要及早防治，以免传播病毒病，药剂可选用20%病毒A500倍液，或1.5%植病灵乳油1000倍液，或 5%菌毒清400倍液，连用2~3次，每次间隔10天。防治大豆食心虫可用玉米秆浸敌敌畏药剂熏蒸，或用25%快杀灵乳油对水喷雾。
大豆成熟后，常会发现有的子粒发育不完全，甚至只有一个小薄片，这样的豆粒称为秕粒或瘪粒。大豆秕粒的多少直接影响到终产量和农民的收益，生产中要加强管理，才能减少秕粒的出现。