由于秋季温度在不断下降，所以，秋季种辣椒很容易发生病害。主要是由于秋种辣椒特别容易受、、病毒侵染而造成病害的发生，具体做法如下：
在幼苗移植前，叶面喷洒一次800倍立异（1.4%辛菌胺乙酸盐）、600倍植物病毒疫苗（0.5%菇类蛋白多糖）混合液，并根部淋施一次 800倍枯草芽孢杆菌水溶液，以杀死灭绝吸附在茎叶上和潜伏在土壤里的各种病菌，并钝化病毒活性。在幼苗移植成活后，再每10~15天根部淋起一次 1500倍灌地康活性生物菌水溶液，连续淋施了3~4次，每次每株淋0.5~1公斤，均匀淋在辣椒幼苗根部周围的土壤中。同时，每7~10天叶面喷洒一次 500倍5%宁南霉素水溶液，或800倍50%氯溴异氰脲酸水溶液，或800倍立异（1.4%辛菌胺乙酸盐）水溶液，连续喷洒5~6次，均匀喷湿所有的茎 叶，以开始有水珠往下滴为宜。杀死灭绝侵染辣椒植株体内的、和抑制病毒的活性，就能保证秋植辣椒不感染各种病害。
由于、和抑制病毒而造成根腐病、枯萎病、角斑病、炭疽病和病毒病，造成烂根死苗、落蕾烂椒、落叶枯枝和束顶卷叶，影响产量，严重时甚至失收。所以，秋种辣椒要注意杀病菌灭病毒，以防止发病。