棉籽饼的营养价值高，是比较常用的蛋白质饲料。但是含有有毒物质，所以饲喂畜禽时应进行脱毒处理和正确使用，以防中毒，脱毒方法如下：
1、硫酸亚铁水溶液浸泡法：将1.25公斤工业用的硫酸亚铁，溶解于125公斤水中，浸泡50公斤粉碎的棉籽饼，中间搅拌几次，一昼夜即可饲用。去毒效果可达75％-95％。
2、煮沸法：将粉碎的棉籽饼，加适量的水煮沸，时常搅拌，保持沸腾半小时，冷却后即可饲用，去毒效果可达75％。
3、碱法脱毒：将棉籽饼送进具有蒸气夹层的搅拌器中，均匀喷洒2.5％的氢氧化钠溶液，氢氧化钠溶液和棉籽饼的重量比为0.92:1，使ph值为 10.5左右。搅拌器的夹层中通入蒸气加热，使温度保持在75-85℃之间，持续加热10-30分钟，冷却后即可饲用。如需贮存，烘干使水分降至7％以下。
棉籽饼粕是重要的蛋白质饲料，但由于其所含的棉酚对动物有毒害作用，限制了棉籽饼粕在动物生产中的应用，因此，在使用过程中进行脱毒是很有必要的。