微生物的菌肥的作用越来越大，某种程度上，他决定蔬菜生产经济效益的高低。那么，关于微生物菌肥的具体作用到底是什么呢？
在保护地蔬菜生产过程中，由于连年超量施肥，一些没被蔬菜吸收的肥料中的残余成分，就会残存在土壤中，越积越多，对土质造成破坏，引起土壤的盐化、酸化，导致土壤板结，通透性减弱，容易引发蔬菜的多种病害。在蔬菜生产过程中，通过增施微生物菌肥，减少化肥的施用量，可以明显地起到改良土壤，降低生产成本，提高蔬菜品质的作用。这是因为微生物菌肥在施用过程中，可以起到活化土壤，分解被土 壤固定的养分，从而提高肥料的吸收利用率，同时微生物菌肥中的微生物，在生长和繁殖过程中，可以产生植物生长素，刺激作物生长，从而改善蔬菜的品质；其次微生物在生长繁殖过程中，还能抑制多种土传病害的发生和发展，对根结线虫病也具有很强的抑制作用，微生物菌肥是一种、经济、环保的新型肥料，很值得在保护地蔬菜生产中加以推广应用。
要使微生物肥料在无公害蔬菜生产中真正发挥增产增效环保的作用，不仅要让生产者了解微生物肥料的特性和种类，还要对保护地蔬菜进行合理化施用。还有微生物肥料只是一种辅助增产肥料，不可替代化肥和有机肥，无公害蔬菜生产的施肥还应以有机肥为主。