由于果园多数活土层较浅，果树根系向深层生长困难。通过深翻可以显著改善土壤水、气条件，促进土壤熟化。深翻后根系得以下扎，细根量增加，树体生长健壮。果园深翻一般在苹果采收后11月上旬进行。
果园深翻可以增加土壤活土层厚度，改善通气条件，增加土壤中微生物的活动能力。而且通过深翻可以促发大量 新根，提高根系活力，有利于养分和水分的吸收。翻土深度从树干根颈处向外围逐渐加深，树冠下部以20厘米左右为宜，树冠外围应加深到30～50厘米。深翻时遇到主根和粗大的侧根，可在树冠外围将根系切断，促发大量新根，同时深翻可杀死大量在土壤中越冬的害虫。
果园提倡秋季深翻，在采收后结合秋施基肥尽早进行。此时土壤墒情较好，根系正处于秋季发根高峰时期，伤口易愈合，且愈合后发生大量细根，对于增加树体营养积累意义重大。由此可以看来，果园深翻可使一门大学问。